ญี่ปุ่นนั้นมีร่องรอยทางประวัติศาสตร์อยู่มากกว่า 1700 แห่ง หนึ่งในนั้นเองก็มีที่ ๆ ได้รับเลือกให้เป็นของสำคัญ หรือ "ร่องรอยทางประวัติศาสตร์แบบพิเศษ" อยู่ด้วยเช่นกัน
แม้จะมีของจากยุคเอโดะอย่างวัดวาอารมและปราสาทเก่าสมัย 200-400 ปีก่อนหลงเหลืออยู่มาก แต่ก็มีร่องรอยชุมชนตั้งแต่ช่วงก่อนยุคโจมน ที่เป็นประวัติศาสตร์ที่เก่าแก่มากเป็นพิเศษหลงเหลืออยู่ด้วยเช่นกัน อย่างซากโบราณสถานซันไนมะรุยะมะ ในจังหวัดอะโอะโมะริ ก็เป็นร่องรอยทางประวัติศาสตร์ตั้งแต่สมัยประมาณ 5000 ปีก่อนเลยทีเดียว
ซึ่งของเหล่านี้ไม่ได้มีคุณค่าสูงแค่ในแง่วัฒนธรรมเท่านั้น แต่ทิวทัศน์และบริเวณโดยรอบยังถูกอนุรักษ์เอาไว้เป็นอย่างดีอีกด้วย

มหานครยุคปัจจุบันอย่างเมืองโตเกียวนี้ก็มีร่องรอยทางประวัติศาสตร์มากมาย เช่นซากปราสาทเก่าแก่จากยุคเอโดะอยู่ด้วยเหมือนกัน โดยปราสาทยุคเอโดะนั้น แต่เดิมถูกสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1457 และได้รับการทำนุบำรุงและขยับขยายพื้นที่เรื่อยมา
แม้จะเป็นเรื่องน่าเสียดายที่ตัวปราสาทเอโดะถูกเผาและสูญหายไปแล้ว แต่ปัจจุบันก็ยังมีร่องรอยโบราณสถานที่ถูกกู้คืนมาส่วนหนึ่ง และเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่ได้รับความนิยมมาก เช่น พระราชวังหลวงเก่าที่จักรพรรดิอาศัยอยู่ เป็นต้น
นอกจากนี้ยังมี สวนโคะชิคาวะโคระคุเอ็น และวิหารยูชิมะในแขวงการปกครองพิเศษบุงเกียว และสวนฮะมะริกีวในแขวงการปกครองพิเศษชูโอที่มีชื่อเสียงเช่นกัน

พระราชวังนารา มรดกโลกที่เป็นหนึ่งใน "ทรัพย์สินทางวัฒนธรรมเก่าแก่แห่งยุคนารา" นั้น เป็นสิ่งที่ถ่ายทอดได้ถึงประวัติศาสตร์การย้ายเมืองหลวงมาสู่นาราในช่วงปี ค.ศ. 710
ยิ่งไปกว่านั้น ศาลเจ้าอิสึกุชิมะ ในจังหวัดฮิโระชิมะ และวัดโมซูจิ ในจังหวัดอิวะเตะที่เป็นมรดกโลกเหมือนกับพระราชวังนาราก็เป็นร่องรอยทางประวัติศาสตร์ที่อยากให้ผู้อ่านได้ไปเยี่ยมชมเช่นกัน
นอกจากนี้ แนวป่านิกโกสุงินะมิกิ ในจังหวัดโทะชิงิ แนวป่าไม้ยาวกว่า 35 กิโลเมตร นับเป็นแนวป่าไม้ที่ยาวที่สุดในโลก ก็ยังได้รับเลือกให้เป็นทั้งร่องรอยทางประวัติศาสตร์แบบพิเศษ และอนุสาวรีย์ทางธรรมชาติที่พิเศษในเวลาเดียวกันอีกด้วย

ในบรรดาร่องรอยทางประวัติศาสตร์ด้วยกันแล้ว สถานที่แปลกและหาดูได้ยากก็คือ ป้อมปราการห้าเหลี่ยม ที่เมืองฮะโกะดะเตะ จังหวัดฮอกไกโด
ป้อมปราการแห่งนี้เมื่อเทียบกับที่อื่นแล้วค่อนข้างใหม่พอสมควร สร้างขึ้นปีเดียวกับช่วงที่อำนาจโชกุนเอโดะล่มสลาย หรือกล่าวคือ ปีค.ศ. 1866
ยิ่งไปกว่านั้น ร่องรอยทางประวัติศาสตร์นี้ยังไม่ได้มีแค่หลุมศพหรือซากปราสาทเท่านั้น แต่ยังรวมไปถึงสวนสาธารณะ และยังมีวัดจิโช (วัดกิงกะกุ) และวัดโระกุอง (วัดคิงกะกุ) ในเกียวโต ที่ได้ถูกเลือกให้เป็นร่องรอยทางประวัติศาสตร์แบบพิเศษอีกด้วยเช่นกัน

เนื่องจากมีปราสาทโบราณและโบราณสถานหลายแห่งที่มีพื้นที่ค่อนข้างกว้าง ดังนั้นหากต้องการเดินดูรอบ ๆ อย่างละเอียดล่ะก็ แนะนำให้เผื่อเวลาเอาไว้จะดีกว่า
นอกจากนี้ ร่องรอยทางประวัติศาสตร์ที่อยู่ในภูเขาและเขตพื้นที่ของวัด ยังเป็นบันไดหิน และพื้นไม่ค่อยดีสักเท่าไรนัก จึงอยากให้ใส่รองเท้าที่เดินสะดวก ๆ ไปด้วย และร่องรอยทางประวัติศาสตร์โดยปกติแล้วจะอยู่กลางแจ้งเสียเป็นส่วนใหญ่ จึงแนะนำให้ระวังโรคลมแดด ให้พกอาหารและน้ำติดตัวไปด้วยจะดีที่สุด