"กับข้าวสามซุปหนึ่ง"เป็นรูปแบบพื้นฐานของอาหารญี่ปุ่น
ประกอบไปด้วย "ข้าว ซุป เมนูจานหลัก เมนูจานรองสองจาน"
โดยใช้เครื่องปรุงหลายอย่างและมีสมดุลทางโภชนาการที่ดี
กรณีที่นำเสนออาหารญี่ปุ่นแบบอาหารชุดจะใช้
"กับข้าวสามซุปหนึ่ง"เป็นพื้นฐาน ทว่า
ข้าว ซุป และเมนูจานหลักหนึ่งจานก็เรียกว่าอาหารชุดเช่นกัน
นอกจากนี้ ยังมีชุดอาหารที่หรูหราที่ประกอบด้วยเมนูรองสามจานขึ้นไป
ยิ่งไปกว่านั้นยังมีชุดที่ประกอบไปด้วยของหวานและเครื่องดื่มอีกด้วย

ในอาหารชุดนั้นไม่ว่าอะไรที่เหมาะกับข้าวสวยก็ถือเป็นเมนูจานหลัก
ส่วนประกอบส่วนใหญ่จะใช้เนื้อสัตว์หรือเนื้อปลา
ปลาย่าง เนื้อย่าง เทมปุระ ปลาดิบ ก็ถือเป็นเมนูหลัก
นอกจากนี้ ไม่เฉพาะอาหารญี่ปุ่นเท่านั้น
แต่สเต็กแฮมเบอร์กหรืออาหารทอดที่เป็นอาหารทางตะวันตก
อาหารผัดและอาหารจีนต่างๆ ก็ถูกนำเสนอเป็นเมนูจานหลักด้วยเช่นกัน

น้ำซุปของญี่ปุ่นที่พบเห็นได้บ่อยๆคือ "ซุปมิโสะ" "ซุปน้ำใส" เป็นต้น
ซุปน้ำใสคือซุปที่ต้มส่วนผสมในน้ำร้อน
ซึ่งสกัดรสชาติความอร่อยจากสาหร่ายทะเลหรือปลาโอตากแห้ง
นอกจากนั้น "ซุปมิโสะ" คือ ซุปที่ใช้เต้าเจี้ยว "มิโสะ"
ที่ทำมาจากการหมักถั่วเหลืองแล้วนำไปละลายลงในน้ำ
โดยมักจะใช้สาหร่ายวากาเมะ เต้าหู้ ผัก ฯลฯ ใช้เป็นส่วนผสม

เมนูจานรองยังหมายถึงการจัดสมดุลคุณค่าทางโภชนาการ
ดังนั้น ส่วนใหญ่จึงเป็นเมนูที่ใช้ผัก
ผักขมคลุกน้ำยำผสมงา ผัดโกะโบ แครอทปรุงรสเผ็ดหวาน ฯลฯ

สามารถทานได้จากเมนูอาหารกลางวันของร้านอาหาร
ร้านเหล้า ร้านกาแฟ ฯลฯ
ในย่านการค้าจะมีร้านขายอาหารชุดโดยเฉพาะ
ที่ให้บริการอาหารชุดตลอดวัน

ค่อยๆทานข้าว เมนูจานหลักและเมนูจานรองที่ละน้อยเท่าๆกัน
เรียกว่าวิธีการ "ทานแบบสามเหลี่ยม"
ไม่ใช้ตะเกียบจิ้มแบบส้อมแต่ใช้ให้คีบ
ควรระวังที่จะยกชามข้าวและน้ำซุปขึ้นก่อนแล้วจึงทาน