ที่ญี่ปุ่นนั้นมีร่องรอย "สถานที่ทิ้งขยะในสมัยก่อน"
ของสมัยโจมงที่เรียกว่า "ไคซึคะ"
ซึ่งได้พบอาหารทะเลที่กินเหลือไว้ เช่น
ยามาโตะชิจิมิ (หอยกาบน้ำจีด) ฮามากุริ (หอยตลับ)
หอยนางรม ปลาแซลมอน และปลาเทราท์ เป็นต้น
นอกจากนี้การกินเนื้อสัตว์ยังไม่แพร่หลายจนถึงช่วงปลายสมัยเอโดะ
และส่วนมากจะเป็นการกินอาหารทะเล
โดยทั่วไปในสมัยนั้นจะเป็นการทำประมงใกล้ฝั่ง
จึงทำให้อาหารทะเลเกือบทั้งหมดที่นำมาทำอาหาร
เป็นของที่จับได้ที่โขดหินชายฝั่ง
สมัยเอโดะยังเป็นสมัยที่นิกิริซูชิ (ข้าวปั้นซูชิ)
ได้ถือกำเนิดขึ้นมาอีกด้วย

ปลาบุริถูกใช้อย่างกว้างขวางในอาหารญี่ปุ่น เช่น
ซาชิมิ ซูชิ ต้มซีอิ้ว ชาบูปลาบุริ และซุป เป็นต้น
ฤดูกาลคือ ฤดูหนาว และปลาบุริในฤดูหนาวจะมีไขมันมากเป็นพิเศษ
ซึ่งมักเรียกกันว่า "คัมบุริ"

อิเสะเอบิมีรูปร่างหน้าตาที่ทำให้นึกโยงไปถึง
ซามูไรที่กล้าหาญเด็ดเดี่ยวสวมชุดเกราะ
และถือว่าเป็นของสำคัญในฐานะเครื่องรางนำโชค
ซึ่งมาจากการเล่นสำนวนที่ว่า "มีความแข็งขัน"
ทั้งยังใช้ตกแต่งในวันขึ้นปีใหม่อีกด้วย
สามารถดื่มด่ำกับรสสัมผัสอันเหนียวนุ่ม
และรสชาติของกุ้งที่เข้มข้นได้ด้วย เช่น ซาชิมิ น้ำซุป เป็นต้น

อาหารหอยนางรมมีหลายชนิด
ไม่ใช่เพียงแค่ทานแบบดิบหรือหอยนางรมย่างเท่านั้น
แต่ยังมีโดเทนาเบะหอยนางรมที่ปรุงรสด้วยมิโซะ (เต้าเจี้ยวญี่ปุ่น)
หอยนางรมชุบแป้งทอด และกราแตงหอยนางรม เป็นต้น
เมื่อถึงฤดูหนาว เมืองท่าที่จับหอยนางรมได้อย่าง
ฮิโรชิม่าและฮอกไกโดก็จะมีการจัดงาน
หรือทัวร์กินหอยนางรมสำหรับนักท่องเที่ยวด้วย

ฮามากุริได้ถูกขุดพบจากร่องรอยสมัยโจมง
และเป็นหอยประเภทหนึ่งที่ญี่ปุ่นมักจะทานกัน
ซึ่งเริ่มการเพาะเลี้ยงในสมัยมุโระมะจิ
นอกจากนี้ฝาหอยยังนำมาใช้เป็น "ไคอาวาเซะ"
ซึ่งเป็นการละเล่นของขุนนาง
และใช้เป็นหินโกะในเกม "อิโกะ" อีกด้วย
มีวิธีการทำอาหารที่หลากหลาย เช่น การนึ่งกับสาเก
ซุป ย่างเตาถ่าน โดะบิงมุชิ (ต้มในกาน้ำชา)
และซุปหอยข้นเป็นต้น