在日本，繩文時代的遺跡「貝塚」其實就是「古時候的垃圾場」，可以看到古時候的日本人吃剩的蜆、文蛤、牡蠣、鮭魚、鱒魚等魚類及貝類的殘骸。並且一直到江戶末期為止，日本人的主要食材並不是肉類，而是魚類或貝類等水產居多。當時由於近海漁業很普遍，所以當時的魚類及貝類料理用的都是在海邊捕獲的食材。而握壽司也就是在那樣的江戶時代誕生的。

青甘魚可以做成生魚片、壽司、燉魚、青甘魚涮涮鍋、湯等等，在日本料理裡面可說是一種常見的食材。青甘最美味的季節則是冬天，尤其是冬天那脂肪肥美的青甘魚更是被成為「寒青甘魚」，非常受到歡迎。

伊勢龍蝦由於它的長相能讓人聯想到穿上冑甲的威猛勇敢的武士，而且在日文裡的伊勢（ise）與有著威嚴之意的「威勢」（isei）發音接近，所以被認為是代表著很有威嚴的幸運物，在過年的餐點或擺飾裡都被廣泛使用，非常受到歡迎。而用它做成的生魚片及湯之類的料理也都散發著濃醇的蝦子風味，口感也爽脆，非常迷人。

除了生吃及火烤之外，日本還有用味噌調味的牡蠣土手鍋、炸牡蠣、牡蠣焗飯等等各式各樣的牡蠣料理。到冬天時，在廣島或北海道等可以捕獲牡蠣的港口城市則會為觀光客提供可以品嚐牡蠣的旅遊行程或活動等等。

在繩文遺跡裡被挖掘出來的文蛤其實是在室町時代就開始人工養殖，可說是在日本最普及的貝類之一。而且古時候也有許多貴族將文蛤的殼拿來玩對對樂遊戲，或是當作日式圍棋的棋子。文蛤料理種類也相當繁多，除了用清酒蒸、湯、炭火燒烤、土瓶蒸之外，也可以做成文蛤濃湯等等。