สวนสัตว์อุเอโนะได้เปิดตัวขึ้นเมื่อปี ค.ศ. 1882 เป็นสวนสัตว์ที่มีประวัติศาสตร์ยาวนานที่สุดในญี่ปุ่น
ปัจจุบันก็ยังเป็นสวนสัตว์ที่มีผู้มาเยี่ยมชมมากที่สุดในญี่ปุ่นอีกด้วย
สามารถดูสัตว์ได้มากกว่า 500 ชนิด
รวมมากกว่า 3,000 ตัว นอกจากนี้ยังมีสัตว์ป่าหายาก
สามอันดับของโลกด้วยคือ แพนด้ายักษ์
โอคาพี (สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดหนึ่ง) และฮิปโปโปเตมัสแคระ
มีการจัดสรรวิธีการจัดแสดงต่าง ๆ ทำให้สามารถชมเหล่าสัตว์ต่าง ๆ ได้ในสภาพที่เป็นธรรมชาติมากยิ่งขึ้น

มีบางสวนสัตว์ที่สามารถให้อาหารสัตว์ได้ด้วย ยกตัวอย่างเช่น "สวนสัตว์ฮิกาชิยาม่า" ในจังหวัดไอจิ
จะสามารถให้อาหารแมวน้ำ ฮิปโปโปเตมัส ควายอเมริกันไบซัน
ยีราฟ และช้างได้
และสำหรับสวนสัตว์เล็ก ๆ สำหรับเด็กจะสามารถสัมผัสและ
ให้อาหารแกะและแพะได้
มีบางสวนสัตว์ที่จะใช้รถโดยสารในเที่ยวชมบริเวณ
อันกว้างขวางที่เลี้ยงสัตว์แบบเปิดได้
รวมทั้งยังสามารถให้อาหารสิงโตและสัตว์กินพืชได้อีกด้วย

พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำส่วนมากจะเลี้ยงปลาขนาดใหญ่ไว้
สามารถชมท่าทางการว่ายน้ำของฉลามวาฬได้ที่
"พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำชูระอุมิ" ในโอกินาว่า
ตู้ปลาขนาดมหึมานี้ได้มีการนำเทคนิคใหม่ล่าสุดของญี่ปุ่นมาใช้งาน
และถูกสร้างออกมาเพื่อให้สามารถทนทานต่อแรงดันน้ำมหาศาลได้

มักจะเห็นพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำที่ถอดแบบระบบนิเวศน์ทางธรรมชาติมาจัดแสดง
มีทั้งที่ถอดแบบระบบนิเวศน์ทางทะเลของญี่ปุ่นมาด้วยเช่นกัน ที่ "พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำอ่าวนาโกย่า"
มี "ตู้เลี้ยงเพนกวิน" ที่ได้ถอดแบบมาจากระบบนิเวศน์ทางธรรมชาติของขั้วโลกใต้อีกด้วย

พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำของญี่ปุ่นจำนวนมากมีการจัดแสดงโลมาและแมวน้ำอยู่เกือบทุกวัน
มีบางที่สามารถดูการแสดงร่วมกันของโลมาและแมวน้ำได้ ซึ่งให้ความบันเทิงได้อย่างดีเยี่ยม