우에노 동물원은 1882년에 개장한, 일본에서 가장 역사 있는 동물원이다. 현재까지 입장객 수도 일본에서 가장 많다. 500종류 이상, 총 3,000마리가 넘는 동물을 볼 수 있다. 세계 3대의 진귀한 동물인 자이언트 판다, 오카피, 피그미 하마가 사육되고 있다. 전시 방법 등에도 심혈을 기울여 더욱 자연스러운 동물들의 모습을 관찰할 수 있다.

동물에게 먹이를 줄 수 있는 동물원도 있다. 예를 들어, 아이치 현의 '히가시야마 동물원'에서는 물개나 하마, 물소, 기린, 코끼리 등 동물에게 먹이를 줄 수 있다. 또, 어린이를 위한 작은 동물원에서는 양이나 염소에게 먹이를 주며 만지고 어울릴 수 있다. 광대한 방사장을 버스로 돌며 사자나 초식 동물에게 먹이를 줄 수 있는 동물원도 있다.

많은 수족관에서 거대한 물고기를 사육하고 있다. 오키나와에 있는 '추라우미 수족관'에서는 고래상어가 헤엄치는 모습을 볼 수 있다. 거대 수조는 일본의 최신 기술을 적용하여 강력한 수압에 견딜 수 있도록 만들어져 있다.

자연의 생태를 재현해 놓은 수족관도 자주 볼 수 있다. 일본의 바다를 그대로 수조안에 재현해 놓은 곳도 있다. '나고야 항 수족관'에는 남극의 자연환경을 재현해 놓은 '펭귄 수족관'이 있다.

일본의 많은 수족관에서는 매일 같이 물개나 돌고래 쇼를 하고 있다. 돌고래와 물개의 대결을 볼 수 있는 곳도 있으며 오락성이 뛰어나다.