สมัยจูมงตั้งก่อนคริสต์กาล 12000ปีจนถึงปี800ก่อนคริสต์กาล เป็นช่วงที่วัฒนธรรมอันเก่าแก่ของญี่ปุ่น
เจริญรุ่งเรืองที่สุด จากหลักฐากซากปรักหักพังของยุคจูมงตอนต้นที่ขุดพบครื่องปั้นดินเผา โดยสังเกตุได้จากเชือกที่ติดมากับเครื่องปั้นดินเผาเรียกว่า “จูมง”จึงกลายเป็นชื่อของยุคนี้ ดำรงชีวิตด้วยการล่าสัตว์ เก็บของป่า
จนถึงยุคยะโยอิ(ก่อนคริสต์กาล300ปี-ก่อนครสต์กาล250ปี) เริ่มรู้จักการปลูกพืช การปลูกข้าว เก็บข้าวเปลือก เป็นยุคที่จะพัฒนากลายเป็นประเทศญี่ปุนลำดับไป โดยตั้งข้อสังเกตุไว้ว่า ยุคจูมงและยุคยะโยอิ ได้ถูกเรียกว่า สมัย วะโคคุ

ผู้ปกครองของวา (วาคือคำเรียกที่ประเทศจีนใช้เรียกแผ่นดินญี่ปุ่นในยุคนั้น)ได้ถูกกำหนดจากการต่อสู้แย่งชิงอำนาจ หลังจากที่กินเวลานานกว่า 70 ปีตามบันทึกโบราณของจีนว่าเป็น “สงครามการเมืองวา"
ซึ่งมีความเห็นว่า สาเหตุสงครามมาจากการใช้ความรุนแรงของผู้ปกครองผู้ชาย มาจกการใช้อำนาจความรุนแรง
จึงกำหนดให้เป็นผู้ปกครองเป็นหญิงเพื่อหวังความสงบสุข ฮิมิโกะ หญิงสาวที่คว้าหัวใจของประชาชนได้จากการเป็นหมอดูซึ่งได้รับตำแหน่งให้เป็นราชินีปกครองวาในสมัยนั้น ประเทศที่ถูกปกครองโดยฮิมิโกะ ถูกเรียกว่า อาณาจักร Yamatai 　ฮิมิโกะนั่งสวดมนต์”โคโตนิโด” “โนคักกุชู” ซึ่งได้มาจากศาสนาชินโตโบราณ ซึ่งธอเป็นทั้งราชินีและมิโกะ(หญิงสาวที่ทำงานอยู่ในศาลเจ้าชินโต) ในบันทึกโบราณของจีน อาณาจักรYamatai ภายใต้การปกครองของเธอขยายอาณาเขตอย่างสงบสุข มีทฤษฎีต่างๆเกี่ยวกับราชินีฮิมิโกะและอาณาจักรYamatai ว่าเป็นจุดกำเนิดของประเทศต่อไป เธอเป็นคนในประวัติศาสตร์ของญี่ปุ่น ที่มีความเป็นมาลึกลับ

เมื่อญี่ปุ่นเป็นปึกแผ่น ได้ก่อตั้งอาณาจักรยามาโตะที่ปกครองโดยกษัตริย์ที่เก่าแก่ที่สุด การปกครองในสมัยยามาโตะ ปกครองโดยสมเด็จพระจักรพรรดิ และสืบทอดราชวงศ์ต่อๆกันมา ในปัจจุบันก็เช่นเดียวกัน
ในปี 538 ซึ่งเป็นยุคสมัยอะซุกะ พระพุทธศาสนาได้นำมาจากอาณาจักรแพ็กเจ(เกาหลีใต้ในปัจจุบัน) ความพยายามในการเผยแพร่ศาสนา บุคคลที่สำคัญที่สุดในยูคนี้คือ เจ้าชาย Shotoku Taishi ได้ปกครองแทนองค์จักรพรรดิ ได้เขียนอักษรที่มีข้อความว่า Hiid zu ru to ko ro no ten shi Sho o nichibotsu suru sho no tenshi ni itasu” ไปยังฮ่องเต้แห่งราชวงศ์สุย(ปัจจุบบันคือจีน)
ประเทศที่เป็น "ดินแดนแห่งอาทิตย์อุทัย” นั่นคือเป็นที่รู้จักว่าคือ ญี่ปุ่น เจ้าชายShotokuเกิดในตระกูลโซกะ ซึ่งมีอำนาจภายใต้การปกครองของจักรพรรดิ ตระกูลโซกะยังเป็นตระกูลที่ให้การสนับสนุนทางพระพุทธศาสนา ในไม่ช้าตระกูลโซกะจะขยายอำนาจ มีคฤหาสน์ มีหลุมฝังศพขนาดใหญ่ ปกครองด้วยความซื่อตรง หลังจากที่เจ้าชายโตะกุสิ้นนั้น ต่อมาฝ่ายที่ไม่สามารถอดทนต่อการปกครองของตระกูลโซกะได้ จึงทำการกบฎ ซึ่งเรียกว่า” อิช ชิน โนะ เฮง” โดยการลอบสังหาร “Soga no Iruka” ซึ่งในตอนนั้นเป็นใหญ่ที่สุดในตระกูลโซกะ
หลังจากนั้นจักรพรรดิโคโตะกุก็ได้ปกครองภายใต้การปกครองปรัชญาแบบจีน ซึ่งเรียกว่า “ไท อิ คะ โนะ ไค อิ ชิน”(การปฎิรูป ไทกะ)

การปฎิรูปไทกะ คือขั้นตอนแรกในการปฎิรูปการเมือง ยุคนารา(ปี710-794) การรับราชการทหาร การเก็บภาษีที่นำกลับมาจากราชวงศ์ถัง(จีนในปัจจุบัน) และตำแหน่งอื่นๆ ประกอบไปด้วยกฎหมาย สร้างระบบที่เรียกว่า “Ritsuryosei” ซึ่งมีประโยชน์ต่อการปกครองของญี่ปุ่น ด้วยวิธีนี้ในยุคนาราจึงมีความสัมพันธ์ทางการทูต
ซึ่งจีนได้ผลกระทบมากที่สุด นอกจากนี้ สมัยนารายุคต้นได้มีการบันทึกหนังสือ “Kojiki” และ “Nihon Shoki”ซึ่งเป็นหนังสือประวัติศาสตร์ที่เก่าแก่ที่สุดของญี่ปุ่น หนังสือเหล่านี้ยังเป็นสิ่งหนุนอำนาจของจักรพรรดิด้วย นอกจากนี้ วัดไดอันจิ และ วัดโคฟุคุจิ และวัดโทไดจิซึ่งเป็นวัดที่มีพระพุทธรุปปที่เป็นที่รู้จัก มีการสร้าวัดหลายแห่ง เป็นยุคที่พระพุทธศาสนาเจริญรุ่งเรื่อง

ราชสำนักเป็นศูนย์กลางการปกครองจนถึงปี 1185 และยังเป็นศูนย์กลางศิลปะและวัฒนธรรมอีกด้วย นวนิยายเรื่องแรกขอฃโลก เขียนโดย Murasaki Shikibu และ Sei Sho Nagon ผู้เขียนหนังสือ “Makura no Soshi” เรื่องราวชีวิตในสำนักราชวัง ซึ่งเป็นวรรณกรรมที่ถูกเขียนในยุคนี้ มีประเพณี ขนมธรรมเนียมที่เกิดขึ้นอย่างเช่นการทาฟันให้เป็นสีดำเรียกว่า “โอบากุโร” ตลอดไปจนระบบอักษรฮิระงะนะ ที่เป็นที่รู้จักกันดี
สัญลักษณ์ของยุคนี้ คือความงดงามของหญิงสาวในราชสำนัก โดยพวกเธอจะยืดผมสีดำให้ตรงยาว และสวมใส่กิโมโนสีสันสดใสถึง 12 ชั้น ซึ่งเรียกว่า ”จูนิจิ ฮิโตเอะ” ในขณะที่วัฒนธรรมเจริญรุ่งเรืองแต่ภายในราชสำนักเกิดการแย่งชิงอำนาจภายในอย่างต่อเนื่อง ขุนนางที่ไม่เห็นด้วยกับการเล่นการเมือง แม้จะมีผลงานไปสู่การพัฒนาศิลปะและวัฒนธรรม ซึ่งมีผลลบกับรัฐบาล ในทางกลับกัน แม้จะมีขุนนางลุ่มหลงในความสุข ขุนนางส่วนหนึ่งได้ถูกตั้งเป็นซามูไร ศาลเจ้าและวัดเริ่มมีอิทธิพล เผยแพร่อย่างรวดเร็ว

ในช่วงของความไม่แน่นอนทางการเมือง คนที่มีกำลังทหารมาก ก็จะมีอำนาจมากขึ้นด้วย หลังจากนั้นไม่นานก็เกิดเรื่องโต้เถียงในการสืบราชบัลลังก์จักรพรรดิ และห้ามไม่ให้เข้ามามีอำนาจ สงครามการเมืองเกิดขึ้น ระหว่างนักรบที่ต้องการขยายอำนาจทางทหาร นั่นคือ ”สงครามเคมเปอิ กัทเซน” (ในปี1180-ปี1185) ซึ่งถูกเขียนไว้ในปี 1300 ในหนังสือ”เฮเอิเคโมโนกะตะริ” เป็นสิ่งที่เขียนไว้ถึงความล่มสลายของตระกูล เฮคะ ด้วยข้อพิพาทที่น่าเศร้า
เมื่อการต่อสู้เคมเปอิสิ้นสุดลง Minamoto no Yoritomoที่ใหญ่ที่สุดในบรรดานักรบจึงกลายเป็นโชกุน เริ่มเข้าสู่สมัยคามาคุระ ในเวลานี้ผู้ปกครองญี่ปุ่นโดยพฤตินัยได้เปลี่ยนจากจักรพรรดิไปเป็นโชกุน แต่ความสงบสุขเกิดได้ไม่นาน เมื่อพวกซามูไรที่มีอำนาจร่วมกันต่อต้านอำนาจ ญี่ปุ่นอยู่ในภาวะสงครามและความตึงเครียด หลังจากหมดยุคโชกุนนี้ก็เข้าสู่ยุคที่เรียกว่า “ยุคเซ็งโงะกุ” (ปี1497-ปี1603)

ในยุคเซ็งโงะกุ ชะตากรรมของญี่ปุ่นอยู่กับโชกุนทั้3 พวกเขามีข้ารับใช้มากมาย ซึ่งยังปกครองอยู่ในดินแดนของตัวเอง กลยุทธ์ที่สำคัญของยุคนี้คือการทรยศและเล่ห์เหลี่ยม เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นที่มีชื่อเสียงที่สุดคือNobunaga Oda พยายามที่จะรวมประเทศญี่ปุ่นเกิดเหตุการณ์ “ฮนโนจิโนะเฮ็น”(กบฏที่วัดฮนโน) เมื่ออะเกะชิ มิสึฮิเดะ หนึ่งในขุนศึกของโอะดะ โนะบุนะงะ ได้ทรยสโดยการลอบสังหารโอะดะ ทันทีที่ฮิเดโยชิ โทโยโตมิเป็นข้ารับใช้ของโอดะได้ประหารชีวิต อะเกะชิ มิสึฮิเดะแล้วจึงได้สืบตำแหน่งต่อจาก โอดะ โนะบุนะงะ
ในที่สุดก็ไม่ได้เป็นไปอย่างที่อะเกะชิ มิสึฮิเดะคิดไว้
ตระกูลโฮโจ ซึ่งปกครองเมืองโอดะวะระ คัดค้านการปกครองของโตโยโตมิ โดยโตโยโตมิ ได้ล้อมปราสาทโอดะวะระจนพ่ายแพ้ไป ฮิเดโยชิ โทโยโตมิได้รวมญี่ปุ่นให้เป็นปึกแผ่น หลังจากนั้นเจ้าเมืองทั้ง 5 รวมทั้งโทะกุงะวะ อิเอะยะซุได้ร่วมมือกันต่อต้านการปกครองของเขา เกี่ยวกับไดเมียวที่ชื่อโทะกุงะวะ อิเอะยะ ซึ่งแบ่งขั้วอำนาจ2ขั้วระหว่างอิชิดะ มิซึนะริ ในปี1600 ได้เกิดการปะทะกันซึ่งเรียกว่า “ยุทธการเซะกิงะฮะระ” โดยไดเมียวของตระกูลอิชิดะทรยศจึงทำให้โทคุงะวะ อิเอะยะสึเป็นฝ่ายชนะ

ปกครองโดย โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ศูนย์กลางการเมืองการปกครองของญี่ปุ่นถูกย้ายจากเกียวโตมายังจักรพรรดิ ในเอโดะ ปัจจุบันคือโตเกียว ในปีค.ศ.1603 เอโดะเป็นยุคที่รุ่งเรื่องที่สุด ในสมัยเอโดะนั้นทั้งภาพอุกิโยะ คาบุกิและกิโมโน ซึ่งเป็นศิลปะวัฒนธรรมเก่าแก่ที่รู้จักทั่วโลก ยุคสงบสุขที่ไม่มีสงครามต่อเนื่องยาวนานมากหลายปี โดยเหตุผลเป็นไปได้ว่าศิลปะไม่ใช่เพียงแค่ชนชั้นสูงที่สามารถเข้าถึงได้ คนทั่วไปก็สามารถเข้าถึงได้เช่นกัน

ในปี 1853 สมัยเอโดะที่สงบสุขมาอย่างยาวนาน เกิดเหตุการ์ที่สามารถพูดได้ว่า”จุดเริ่มต้นของการสิ้นสุด” เรือดำซึ่งเทียบท่านำทหารอเมริกัน นำโดยนายทหารเพอร์รี่มายังประเทศญี่ปุ่นซึ่งปิดประเทศ ตั้งชื่อว่า ”เรือดำ” เรือไอน้ำขนาดเล็กมีควีนดำพ่นออกมา ซึ่งติดชื่อจากความกลัวของชาวญี่ปุ่น
วัตถุประสงค์ของการมาถึงของเรือพลเรือจัตวาเพอร์รี่คือ การนำสารจากประธานาธิบดีคนที่13ของสหรัฐ มิลลาร์ด ฟิลล์มอร์มายังโชกุน ในการตกลงการค้าระหว่างประเทศของญี่ปุ่นและสหรัฐอเมริกา ผู้สำเร็จราชการสมัยเอโดะต้องเผชิญหน้ากับอำนาจทางทหารของสหรัฐเพื่อเรียกร้องให้เปิดประเทศ หลังจากนั้น1ปีจึงเกิดสนธิสัญญาคะนะงะวะ ทำให้นโยบายปิดประเทศมาอย่างยาวนานสิ้นสุดลง อย่างไรก็ตามยังมีคนที่คัดค้านสนธิสัญญานี้อยู่ซึ่งอาจทำให้เกิดสงครามกลางเมืองได้อีก

ความเคลื่อนไหวต่อระบบกษัตริย์เริ่มพยายามถูกผลักดันให้ญี่ปุ่นมีระบบการปกครองแบบจักรพรรดิอีกครั้งในไม่ช้า เกิดการเคลื่อนไหวคว่ำบาตรของชาวต่างชาติที่ป่าเถื่อน แม้ผู้สำเร็จราชการพยายามที่จะเอาชนะด้วยกองกำลังทหารก็ตาม ความตึงเครียดจึงเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง ในที่สุดสงครามกลางเมืองก็เริ่มขึ้นทั่วญี่ปุ่น(สงครามโบชิง) ทหารของฝ่ายจักรพรรดิได้รับชัยชนะ และในปีค.ศ.1868 การปฎิรูปทางการเมืองโดยการยกเลิกระบบการปกครองโดยผู้สำเร็จราชการ เป็นยุคฟื้นฟูเมจิ
การเข้ามาของวัฒนธรรมตะวันตก นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงต่างๆในชีวิตผู้คน อย่างเช่นเปลี่ยนจากการสวมกิโมโน เป็นเสื้อสูทกับกางเกง ชุดกระโปรง อีกทั้งการโกนผม ทรงผมที่เรียกว่า” Chonmage” คือการผูกผมที่เหลือจากการโกนตั้งแต่หน้าผากไปถึงกลางศรีษะอีกด้วย ซึ่งไม่สามารถเห็นได้อีกต่อไปแล้ว ยุคเมจิเป็นยุคที่ก้าวทันโลก เป็นยุคที่ศิลปะวัฒนธรรมไปจนถึงอุตสาหกรรมเติบโตอย่างรวดเร็ว

ความก้าวหน้าในเทคโนโลยีอย่างรวดเร็วเพียงไม่กี่ทศวรรษที่ผ่านมา ญี่ปุ่นมีความสัมพันธ์ที่ลึกซึ้งกับชาติตะวันตกมากขึ้น ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 1 ซึ่งเริ่มขึ้นในปี 1914 ญี่ปุ่นมีความร่วมมือกันอย่างมีนัยสำคัญกับฝ่ายสัมพันธมิตรซึ่งประกอบด้วยฝรั่งเศส สหราชอาณาจักรและรัสเซียซึ่งต่อสู้กับฝ่ายของเยอรมนี ออสเตรียและฮังการี
นอกจากนี้ญี่ปุ่นยังได้ดินแดนในส่วนมหาสมุทรแปซิฟิกจากเยอรมนีซึ่งแพ้สงคราม ด้วยเหตุผลนั้นเองจึงมีการขยายอำนาจทั้งการปกครองและการทหาร
ในปี1939ได้เกิดสงครามโลกครั้งที่2 ซึ่งเยอรมนีนำโดยฮิตเลอร์เป็นฝ่ายอักษะกับอิตาลีนำโดย มุสโลสินี และส่วนใหญ่ของเอเชียได้เข้าร่วมด้วย สุดท้ายก็พ่ายแพ้ต่ออเมริกา ในปีค.ศ.1945 ญี่ปุ่นประกาศยอมจำนนอย่าไม่มีเงื่อนไข
หลังจากประกอบนโยบายทางทหารกับอเมริกาในหลายปีที่ผ่านมา ในปีค.ศ.1952ญี่ปุ่นได้เข้าร่วมกับกลุ่มชาติตะวันตก ซึ่งหลังจากนั้นประเทศญี่ปุ่นมีความเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจสูงในช่วงปี ค.ศ.1960 ถึง ค.ศ.1970 ได้กลายเป็นประเทศที่มีอำนาจทางเศรษฐกิจมากที่สุดในโลกในไม่ช้า สินค้าญี่ปุ่นที่เต็มไปด้วยความคิดริเริ่มสร้างสรรค์ ซึ่งในปัจจุบันสินค้ามีมูลค่าสูงในโลกด้วย