เดือนมีนาคมถึงเดือนพฤษภาคม เป็นช่วงที่สภาพอากาศดี พอ ๆ กับฤดูใบไม้ร่วงเป็นช่วงที่สามารถรับรู้ถึงลมหายใจของสิ่งมีชีวิตต่างๆ"การชมซากุระ" ที่เป็นสิ่งที่ทำให้นึกถึงฤดูใบไม้ผลิของญี่ปุ่นก็สามารถทำได้ในฤดูนี้ จุดชมเทศกาลชมดอกซากุนะ ก็จัดขึ้นตามแต่ละพื้นที่ อย่างเช่นในโตเกียวซากุระจะบานสวยงามช่วงปลายเดือนมีนคามจนถึงต้นเดือนเมษายน ทว่า ในฤดูกาลนี้บางช่วงอากาศจะอบอุ่น แต่บางครั้งอากาศก็หนาวลงอย่างกะทันหันในวันถัดไป

ฤดูฝนจะเริ่มตั้งแต่ปลายเดือนพฤษภาคมไปจนถึงต้นเดือนกรกฎาคม ซึ่งเป็นช่วงที่มีเมฆครึ้มหรือฝนตกชุกอย่างต่อเนื่อง เนื่องจากอุณภูมิและความชื้นที่สูงขึ้น จึงทำให้อากาศในช่วงนี้ร้อนอบอ้าว ช่วงฤดูฝนเป็นช่วงที่แนวปะทะจะเคลื่อนจากทางทิศใต้ไปยังทิศเหนือจึงทำให้ทางตอนใต้ของญี่ปุ่นเข้าสู่ฤดูฝนเร็วกว่าภูมิภาคอื่นๆ และขยับขึ้นไปทางเหนือทั่วเกาะญี่ปุ่นในเวลา 1เดือน ทว่า ที่ฮอกไกโดไม่มีฤดูฝน เมื่อหมดฤดูฝนแล้วจะเข้าฤดูร้อนอย่างจริงจัง

ตามข้อมูลในเดือนสิงหาคมปี2016ของกรมอุตุนิยมวิทยารายงานว่า อุณหภูมิโดยเฉลี่ยในฤดูร้อนของญี่ปุ่นประมาณ 27.6องศาเซลเซียส แต่เนื่องจากความชื้นที่สูงจึงทำให้รู้สึกว่าจริงๆอากาศร้อนอบอ้าวกว่าที่รายงานไว้ ถ้าพูดถึงเทศกาลในช่วงหน้าร้อนของญี่ปุ่นนั้นจะมี เทศกาลประจำปีฤดูร้อนและงานดอกไม้ไฟ ซึ่งจะจัดในช่วงเดือนกรกฎาคมจนถึงสิงหาคม ตามแต่ละพื้นที่ที่กำหนดซึ่งในงานจะมีขบวนแห่เทพเจ้า ส่วนงานดอกไม้ไฟจะจัดตามชายฝั่งทะเลหรือริมแม่น้ำ โดยจะจุดพลุสีสันสดใสมากมายขึ้นบนท้องฟ้ายามค่ำคืน

ช่วงเดือนสิงหาคมถึงกันยายนจะเป็นช่วงที่พายุไต้ฝุ่นเข้า หากอยู่ในเส้นทางของแนวพายุไต้ฝุ่นจะมีลมแรงและฝนตกหนักจนไม่สามารถออกนอกบ้านได้ 1-2 วัน และในบางครั้งการขนส่งสาธารณะก็อาจหยุดการทำงานด้วยเช่นกัน

ฤดูใบไม้ร่วงในเดือนกันยายนถึงพฤศจิกายน เป็นช่วงที่อากาศดีเหมือนฤดูใบไม้ผลิ
ไม่มีความหนาวและอุ่นสลับกันอย่างรุนแรงเท่ากับฤดูใบไม้ผลิ จึงสามารถอยู่ได้ง่าย
ในฤดูใบไม้ร่วงเมื่อถึงฤดูใบไม้เปลี่ยนสี
จะมีนักท่องเที่ยวมาชมใบไม้เปลี่ยนสีตามแหล่งต่างๆมากมาย

เมื่อเข้าเดือนธันวาคม อุณหภูมิก็จะลดต่ำลงทำให้รู้สึกหนาวเย็น ประมาณปลายเดือนธันวาคมอาการจะหนาวเย็นลงอย่างมากและคงไม่ใช่เรื่องน่าแปลกถ้าช่วงเดือนมกราคมถึงต้นเดือนมีนาคมอุณหภูมิจะลงต่ำลงถึงจุดเยือกแข็ง อย่าง โฮคุริคุ โทฮกคุ หรือฮอกไกโดซึ่งจะมีหิมะปกคลุม ในเขตเมืองบางปีก็มีหิมะตกเช่นกัน โดยเฉพาะพื้นที่ที่ติดกับทะเลญี่ปุ่น เช่น โตไก และ โฮคุริคุ นั้นบางครั้งก็มีหิมะตกหนาหลายเมตร ด้านมหาสมุทรแปซิฟิกถึงบางครั้งจะมีหิมะตกหนามากมาย แต่บางครั้งก็มีอากาศปลอดโปร่งติดต่อกันหลายวันเช่นกัน ในวันที่ 31 ธันวาคม ซึ่งเป็นวันส่งท้ายปีเก่าต้อนรับปีใหม่ จะมีประเพณีการทานโซบะ และหลังจากปีใหม่นับไปอีก7วันจะเรียกว่าวันขึ้นปีใหม่ ซึ่งจะรับประทานโอเซะจิ(อาหารสำหรับเทศกาลขึ้นปีใหม่) และดื่มเหล้าเพื่อเป็นการเฉลิมฉลองศักราชใหม่