2 ใน 3 ส่วนของพื้นที่ในประเทศญี่ปุ่นเป็นพื้นที่ภูเขา ในฮงชูนั้นมีเทือกเขาที่มีความสูง
จากระดับน้ำทะเลถึง 3,000 เมตร เรียงรายกันอยู่ ซึ่งเรียกกันว่าเป็นหลังคาของประเทศญี่ปุ่น
ชิราคามิ ซันจิที่ครอบคลุมทั้งบริเวณจังหวัดอากิตะและจังหวัดอาโอโมริที่เป็นมรดกโลกนั้น
มีป่าต้นบุนะ (ต้นบีช) ธรรมชาติขนาดใหญ่ที่สุดในโลกแพร่ขยายไปทั่วทุกภูมิภาค
นอกจากเลียงผาแล้วก็มีสัตว์สงวนของประเทศอื่น ๆ อาศัยอยู่เป็นจำนวนมากอีกด้วย
เช่น หมีดำ และลิงกังญี่ปุ่น เป็นต้น

มรดกโลกทางธรรมชาติของทั้ง 4 แห่งนั้นเป็นพื้นที่ป่าของรัฐทั้งหมด 90 เปอร์เซ็น
และรัฐบาลก็ได้ทำการควบคุมและกำหนดเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าเอาไว้ด้วย
เกาะยาคุชิม่าที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ตั้งแต่ฝั่งใต้สุดของเกาะฮงจิม่าในคิวชูไปทางฝั่งใต้ประมาณ 60 กิโลเมตรนั้น
มี 90 เปอร์เซ็นของเกาะเป็นป่าไม้ ภายในป่าที่ปกคลุมไปด้วยมอสและลำธารนั้น
มีต้นไม้ขนาดมหึมาที่เรียกว่ายะคุสุกิ ซึ่งมีอายุเกิน 1000 ปีแล้วอยู่หลายต้น
ยะคุสุกิต้นหนึ่งที่ถูกตั้งชื่อว่า "โจะมงสุกิ" ก็เป็นต้นสนญี่ปุ่นที่รู้จักกันว่ามีขนาดที่ใหญ่ที่สุดในประเทศญี่ปุ่น

กล่าวกันว่ามีสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่อาศัยอยู่ในทะเล 50 ชนิด นกทะเล 122 ชนิด
และปลาทะเลอีกประมาณ 3,700 ชนิดที่อาศัยอยู่ในทะเลของประเทศญี่ปุ่น
หมู่เกาะโอกาซะวาระที่อยู่ในเมืองโตเกียวนั้นมีเกาะรวมกันอยู่ประมาณ 30 เกาะ
และทะเลที่ห้อมล้อมเกาะเหล่านั้นไว้อยู่ก็มีเอกลักษณ์ตรงที่สีสดใสของน้ำทะเล
ซึ่งเรียกกันว่า "Bonin Blue" นอกจากนี้ เนื่องจากแผ่นดินไม่เคยเชื่อมกับแผ่นดินใหญ่เลยสักครั้ง
จึงทำให้ระบบนิเวศมีความโดดเด่นและมีสัตว์หายากอยู่เป็นจำนวนมาก
ด้วยเหตุนี้จึงถูกเรียกว่า "กาลาปากอสของฝั่งตะวันออก"

คาบสมุทรชิเรโตโกะในฮอกไกโดเป็นที่รู้จักกันในเรื่องของระบบนิเวศที่มีความโดดเด่น
และความอุดมสมบรูณ์ของทิวทัศน์ทางธรรมชาติ เช่น ป่าไม้ ทะเลสาบ เป็นต้น
เนื่องจากน้ำจากลำธารได้นำพาสารอาหารมา จึงทำให้แพลงตอนที่เป็นอาหารของเหล่าสัตว์เกิดได้ง่าย
ดังนั้นเลยสามารถที่จะชมระบบนิเวศทางทะเลที่อุดมสมบรูณ์ได้ นอกจากนี้
ยังมีเอกลักษณ์เฉพาะตัวตรงที่สามารถชมระบบนิเวศพิเศษที่ระบบนิเวศทางบก
กับระบบนิเวศทางทะเลพึ่งพาอาศัยกันและกันได้ ยกตัวอย่างเช่น ปลาแซลมอนที่อาศัยอยู่ในชิเรโตโกะ
ก็จะเป็นอาหารให้กับหมีสีน้ำตาล หรือการที่มีสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมสำหรับสิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิด
จึงทำให้สัตว์ต่าง ๆ อาศัยอยู่ได้ง่าย เช่น นกอินทรีทะเลชเตลเลอร์ เป็นต้น