Dua per tiga wilayah Jepang merupakan daerah gunung dan di Pulau Honshu terdapat pegunungan berketinggian 3.000 meter di atas permukaan laut yang disebut sebagai "nihon no yane" (atap Jepang). Di situs warisan dunia Shirakami-Sanchi yang melewati Prefektur Akita dan Aomori, tersebar hutan alami pohon buna terbesar di dunia. Selain kamoshika (kambing hutan Jepang) yang merupakan monumen alam Jepang, di sana juga merupakan habitat banyak hewan seperti beruang hitam, monyet Jepang, dan lainnya.

Di empat lokasi situs warisan alam dunia tersebut, 90 persen wilayahnya merupakan hutan milik negara. Wilayah tersebut ditetapkan dan dikelola sebagai daerah perlindungan ekosistem hutan oleh negara. Pulau Yakushima yang terletak sekitar 60 kilometer ke arah selatan dari daerah paling selatan pulau utama Kyushu memiliki hutan seluas 90 persen dari pulaunya. Di dalam hutan yang ditutupi jeram dan lumut, terdapat beberapa pohon raksasa bernama Yakusugi (pohon cedar Jepang yang tumbuh di Pulau Yakushima) yang berusia lebih dari 1.000 tahun. Sebatang pohon Yakusugi yang dinamai Jomonsugi dikenal sebagai pohon cedar berdiameter terbesar di Jepang.

Laut di wilayah negara Jepang disebut-sebut merupakan tempat hidup dari 50 spesies mamalia laut, 122 spesies burung laut, dan 3.700 spesies ikan laut. Kepulauan Ogasawara yang masuk dalam wilayah Prefektur Tokyo terdiri dari sekitar 30 pulau. Laut yang mengelilingi pulau-pulau disebut "bonin blue" karena memiliki ciri khas warna terang yang dalam. Selain itu, Kepulauan Ogasawara tak pernah sekali pun terhubung dengan daratan, sehingga tercipta ekosistem unik yang terdapat banyak hewan langka. Karena itulah, Kepulauan Ogasawara dijuluki sebagai "Galapagos dari Timur".

Semenanjung Shiretoko yang berada di Hokkaido dikenal karena panorama alam yang kaya seperti hutan dan danau, serta ekosistem uniknya. Bongkahan es yang mengalir dari laut beku yang telah mencair, membawa unsur nutrisi. Kemudian, plankton yang menjadikan nutrisi tersebut sebagai makanannya mudah berkembang biak, sehingga Anda dapat melihat ekosistem laut yang kaya di sini. Selain itu, Anda juga dapat melihat ekosistem istimewa yang menjadi karakteristik di Semenanjung Shiretoko, yaitu hubungan timbal balik antara ekosistem laut dan daratan. Misalnya, terdapat lingkungan yang mudah ditinggali oleh berbagai makhuluk hidup seperti beruang cokelat dan elang laut steller yang menjadikan ikan salmon yang hidup di Shiretoko sebagai makanannya.