พื้นที่ภูเขาครอบคลุม 73 เปอร์เซ็นต์ของพื้นที่ทั้งหมดในญี่ปุ่น ภูเขาฟูจิเป็นภูเขาที่สูงที่สุดของญี่ปุ่น ซึ่งมีความสูงจาก
ระดับน้ำทะเลอยู่ที่ 3,776 เมตร
บริเวณช่วงกลางของฮอนชูในญี่ปุ่นมีภูเขาที่สูงจากระดับน้ำทะเลมากกว่า 3,000 เมตรขึ้นไปรวมกันอยู่ และถูกเรียกว่าเป็น
"หลังคาของญี่ปุ่น" หรือบางครั้งก็ถูกเรียกว่า "เทือกเขาแอลป์ของญี่ปุ่น" ด้วยเช่นกัน
นอกจากนี้ในญี่ปุ่นยังมีภูเขาไฟเป็นจำนวนมาก และแม้แต่ในตอนนี้
ก็ยังมีภูเขาไฟที่ยังคุกรุ่นอยู่อย่างภูเขาไฟซากุระจิม่าในจังหวัด
คาโกชิม่าด้วย

ญี่ปุ่นเป็นประเทศเกาะ และทั้งสี่ทิศก็ถูกล้อมรอบด้วยทะเล ฝั่งตะวัน
ออกกับฝั่งใต้ติดมหาสมุทรแปซิฟิก ส่วนฝั่งตะวันตกเฉียงเหนือติด
ทะเลญี่ปุ่น และฝั่งตะวันตกติดทะเลจีนตะวันออก ส่วนฝั่งตะวันออก
เฉียงเหนือติดทะเลโอค็อตสค์ และระหว่างฮอนชูกับชิโคคุก็มีทะเล
เซะโตะในอยู่
ด้วยเหตุนี้ไม่ว่าจะเป็นที่ไหนของญี่ปุ่นก็จะสามารถหาของทะเลได้
อย่างง่ายดายและอุดมสมบูรณ์

ไม่ว่าจะเป็นน้ำจากแม่น้ำเส้นไหนก็ใสสะอาดและสามารถจับปลาแม่น้ำ อย่างปลาอะยุได้
นอกจากนี้ยังมีหิ่งห้อยมารวมตัวกันอยู่บริเวณแม่น้ำที่ใสสะอาด ทำให้คนญี่ปุ่นออกมาชมหิ่งห้อยกันในฤดูร้อน
การปิ้งบาร์บีคิวหรือตั้งแคมป์แถว ๆ แม่น้ำก็เป็นสิ่งที่ทำให้นึกถึงฤดู
ร้อนอย่างหนึ่งเหมือนกัน
แม่น้ำชินาโนะที่ไหลผ่านจังหวัดนะงะโนะและจังหวัดนีงะตะเป็นแม่น้ำที่ยาวที่สุดในญี่ปุ่น

สามารถเพลิดเพลินกับทิวทัศน์อันงดงามได้ตามแต่ละฤดูกาลและ ตามแต่ละท้องถิ่นในญี่ปุ่น
ดอกซากุระจะค่อย ๆ เริ่มบานเต็มที่จากตอนใต้ไล่ไปตอนเหนือ ตั้งแต่ช่วงปลาย
เดือนมีนาคมจนถึงปลายเดือนเมษายน
ฤดูร้อนจะมีเมฆฝนฟ้าคะนองกระจายทั่วท้องฟ้าสีคราม และใน
ฤดูใบไม้ร่วงจะมีต้นไม้ที่เปลี่ยนเป็นสีแดงและมีสีสันที่สดใส
ภูมิภาคชิเระโตโกะในฮอกไกโดได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลก
ทางธรรมชาติ และในฤดูหนาวจะมีธารน้ำแข็งให้ไปเยี่ยมชม