73% daripada seluruh keluasan Jepun diliputi kawasan pergunungan. Gunung tertinggi di Jepun adalah Gunung Fuji yang berketinggian 3776m. Di kawasan tengah Pulau Honshu pula terdapat jajaran gunung berketinggian 3000m ke atas yang dipanggil "atap Jepun", dan ada juga yang menyebutnya "Alps Jepun". Selain itu, terdapat banyak gunung berapi di Jepun, dan ada juga yang aktif seperti Sakurajima di Kagoshima.

Jepun adalah negara pulau, dan dikelilingi laut dari seluruh arah. Bahagian timur dan selatan menghadap Lautan Pasifik, Laut Jepun terletak di bahagian barat laut, Laut China Timur pula terletak di sebelah barat, Laut Okhotsk di bahagian timur laut dan laut di antara Shikoku dan Honshu, iaitu Laut Pedalaman Seto. Maka, adalah senang untuk mencari makanan laut di mana-mana dalam Jepun.

Air di mana-mana sungai adalah jernih, dan di situ dapat menangkap ikan sungai seperti Ayu dan sebagainya. Tambahan lagi, oleh kerana kelip-kelip berkumpul di sungai yang jernih, orang Jepun suka pergi ke sungai untuk melihat kelip-kelip pada musim panas. Barbeku dan berkhemah di tepi sungai juga merupakan tradisi bermusim pada musim panas. Sungai yang terpanjang di Jepun ialah Sungai Shinano yang mengalir melalui Niigata dan Nagano.

Anda dapat menikmati pemandangan yang indah di setiap bahagian Jepun pada setiap 4 musim. Dari penghujung bulan Mac hingga penghujung bulan April, bermula dari bahagian selatan, bunga sakura beransur-ansur mengembang penuh. Pada musim panas, awan kumulonimbus tersebar luas di langit biru, musim luruh pula indah berseri dengan pokok-pokok yang meluruhkan daun yang bertukar merah. Semenanjung Shiretoko di Hokkaido pula, telah didaftarkan sebagai warisan alam semulajadi, dan akan kelihatan bongkah ais hanyut pada musim sejuk.