ก่อนคริสตกาลถึงศตวรรษที่ 3 นั้น ญี่ปุ่นได้เริ่มมีการทำนาและการประกอบอาหาร จำพวกอาหารทอด ชา และอื่น ๆ ถูกถ่ายทอดผ่านทางพระพุทธศาสนาไปยังทวีป และมีการทานอาหารทอด อาหารหมักอย่างถั่วนัตโตะ(ถั่วหมัก) และอื่นๆมานานนับ1000ปี ในสมัยเอโดะนั้น อาหารมงคลอย่าง"อาหารเอโดะ" หรืออาหารท้องถิ่นก็พัฒนาอย่างแพร่หลาย วัฒนธรรมการไม่นิยมทานเนื้อสัตว์ก็เปลี่ยนแปลงตามบอิทธิพลจากชาติตะวันตก จึงเกิดเป็นอาหารญี่ปุนแบบดั้งเดิมขึ้นมา

อาหารญี่ปุ่นโดยทั่วไปนั้น จะมีรายการอาหารแบบกับข้าวสามซุปหนึ่งซึ่งประกอบไปด้วย ซุปและกับข้าวจานหลัก 1 อย่าง กับข้าวจานรอง 2 อย่างส่วนมากรูปแบบของอาหารจานหลักจะปรุงจากอาหารทะเล เนื้อสัตว์ หรือไข่ อาหารจานรองจะใช้ "เต้าหู้" หรืออาหารที่ทำจากถั่วอื่น ๆ หรืออาหารที่ทำจากผัก ในการทานอาหารหนึ่งมื้อนั้น ทำให้สามารถทานอาหารได้อย่างหลากหลาย

คนญี่ปุ่นมีความรู้เป็นอย่างดีว่าในแต่ละฤดูวัตถุดิบชนิดใดจะอร่อยมากที่สุด
เช่นฤดูใบไม้ผลิมีหน่อไม้ และปลาซะวะระ (ปลาอินทรีย์) ฤดูร้อนมีแตงกวาและปลาอะยุ
ฤดูใบไม้ร่วงมีลูกพลับและปลาซัมมะ ฤดูหนาวมีผักกาดขาวและปลาบุริ ฯลฯ ที่จะมีความอร่อย
การดึงเอาความอร่อยของวัตถุดิบในแต่ฤดูมาประกอบอาหารนั้น ถือเป็นหัวใจของอาหารญี่ปุ่น

อาหารญี่ปุ่นถูกจัดได้ว่าเป็นอาหารที่ให้ความสำคัญต่อฤดูกาลและเหตุการณ์ต่างๆ อย่างเช่นในวันที่1 มกราคมจะทาน"โอเซจิเรียวริ"(อาหารต้อนรับปีใหม่) หรือ "โอโซนิ"(ซุปโมจิที่ทำเฉพาะวันขึ้นปีใหม่) เป็นต้น อีกทั้งอาหารญี่ปุ่นนั้นยังปรับให้สอดคล้องกับกิจกรรมและเทศกาลต่างๆ นอกจากนี้ ในวันที่21 ธันวาคม ซึ่งเป็นวัน"โทจิ" (วันที่มีเวลาช่วงกลางวันสั้น และกลางคืนยาว) จะทานฟักทอง เพื่อป้องกันไม่ให้เป็นหวัด หรือเจ็บป่วย และหากมีเรื่องที่น่ายินดี ชาวญี่ปุ่นจะทานข้าวเหนียวนึ่งผสมถั่วแดง เพื่อให้ข้าวเป็นสีแดงที่เรียกกันว่า"เซกิฮัง" (ข้าวแดงสำหรับการเฉลิมฉลอง)