ถ้าจะพูดถึงบริษัทสายการบินหลักของญี่ปุ่นก็คือ สายการบินญี่ปุ่น (JAL)และออลนิปปอนแอร์เวย์(ANA)
ที่ให้บริการขนส่งทางอากาศทั่วประเทศญี่ปุ่น สายการบินญี่ปุ่นนั้นไม่เพียงจะบริการภายในประเทศเท่านั้น แต่ยังมีเครือข่ายที่กว้างขวางเชื่อมต่อไปถึงแต่ละพื้นที่ในต่างประเทศอีกด้วย เรื่องการถึงตรงเวลาเป็นอันดับหนึ่งของโลกนั้นเป็นความภูมิใจ คุณภาพสูงที่มีเสถียรภาพนั้นเป็นเพราะได้รับความเชื่อถือไว้ใจจากลูกค้าผู้เข้าใช้บริการอย่างหนาแน่น
ในการจัดอันดับของบริษัทสกายแทร็คของประเทศอังกฤษ SkySuiteที่นั่งชั้ในนธุรกิจและที่นั่งชั้นประหยัดของ JAL ต่างก็ได้รับรางวัล "ที่นั่งสายการบินที่ดีที่สุด"( ณ ปัจจุบันเดือน เมษายน ปี2016)

ออลนิปปอนแอร์เวย์(ANA) ยึดส่วนแบ่งประมาณ 70 เปอร์เซ็นของช่องขาเข้าและขาออกของสนามบินฮาเนะดะ
ได้รับการประเมินจากบริษัทสกายแทร็คของประเทศอังกฤษในปี 2013 ได้รับการประเมินระดับสูงสุดคือ 5 ดาว สำหรับประเทศญี่ปุ่นแล้วเป็นการประเมินที่สูงที่สุดครั้งแรกอีกด้วย มีเส้นทางเที่ยวบินระหว่างประเทศได้แก่ เอเชีย ยุโรป และอเมริกา( ณ ปัจจุบัน เดือนเมษายน 2016)

LCC ในคำย่อสำหรับ "สายการบินราคาประหยัด" เป็นบริษัทสายการบินที่สามารถใช้บริการได้ในราคาที่ถูก บริการเรียบง่าย โดยสายการบินแรกคือสายการบิน Peach ของLCCและสายการบิน Vanilla Airซึ่งเป็นบริษัทลูกของ ANA โฮลดิ้งซึ่งเป็นผู้ถือหุ้นทั้งหมด ซึ่งทำการบินไปกว่า 60 เมืองในประเทศญี่ปุ่นและทั่วภูมิภาคเอเชียแปซิฟิก อย่างเช่นสายการบิน เจ็ตสตาร์ และสปริงแอร์ไลน์ของจีน

LCC ได้ผลักดันในเรื่องของการลดราคา ทำให้สามารถที่จะซื้อตั๋วเครื่องบินในราคาที่ถูกมาก ๆ ได้ ถึงแม้จะเป็น JAL กับ ANA แต่ถ้าหากรู้กำหนดวันเดินทางเร็วแล้วทำการจองล่วงหน้าก็จะได้รับส่วนลด ยิ่งจองเร็วก็จะยิ่งถูกลง

สายการบิน JAL、ANAจะมีเครื่องดื่ม น้ำผลไม้ ชาและกาแฟไว้คอยบริการ ส่วนสายการบินต้นทุนต่ำนั้นก่รบริการภายในเครื่องจะเสียค่าใช้จ่าย เส้นทางต่างประเทศก็เช่นเดียวกัน สายการบินJALและANAจะไม่เสียค่าใช้จ่ายใดๆ แต่สายการบินต้นทุนต่ำนั้น อาจจะมีค่าใช้จ่ายบ้าง

นอกจากกระเป๋าสะพายแล้ว ก็สามารถนำกระเป๋าถือขึ้นเครื่องบินได้อีกด้วย โดยน้ำหนักรวมไม่เกิน10กิโลกรัม ในชั้นประหยัดซึ่งกระเป๋าจะมีขนาด ความกว้าง25 ซม. ความยาว40ซม. ความสูง55ซม.ซึ่งรวมกันแล้วไม่เกินขนาด115ซม. ส่วนน้ำหนักนั้นทั้งสายการบิน JALและANA ให้ไม่เกิน10กิโลกรัม อาจจะมีการเปลี่ยนแปลงได้ ควรตรวจสอบล่วงหน้าด้วย

เที่ยวบินภายในประเทศจะแตกต่างกันออกไปในแต่ละบริษัท สำหรับ JAL และ ANA เที่ยวบินที่มีที่นั่งมากกว่า 100 ที่นั่งจะมีมาตรฐานเดียวกันกับเที่ยวบินระหว่างประเทศที่กล่าวไปก่อนหน้านี้ แต่ในกรณีที่มีที่นั่งไม่ถึง 100 ที่นั่ง ขนาดทั้งความสูง ความกว้างและความลึกแต่ละส่วนจะลดลงอย่างละ 5 เซนติเมตร 3 ด้านรวมกันต้องไม่เกิน 100 เซนติเมตร สายการบิน Skymark และ Peach ก็เป็นเช่นเดียวกับสายการบิน JAL และ ANA ส่วนสายการบินเจ็ทสตาร์กับเจแปนนั้นกำหนดน้ำหนักรวมอยู่ที่ 7 กิโลกรัมโดยมีความสูง 56 เซนติเมตร ความกว้าง 36 เซนติเมตร และความลึก 23 เซนติเมตร