일본의 대표적인 도시는 도쿄, 오사카, 나고야, 고베, 후쿠오카, 삿포로 등이다. 그중에서도 가장 큰 도시로, 인구 1,300만 명이 넘는 도쿄는 세계 유수의 메가시티로 알려졌으며, 근처 현에서 도쿄로 통근, 통학을 위해 왕래하는 사람도 많다. 간토의 중심 도시는 도쿄, 간사이의 중심 도시는 오사카이다. 오사카는 일본에서 두 번째로 인구가 많은 도시이며, 서일본 경제, 문화의 중심지이다. 도쿄와 오사카 사이에 있는 나고야도 대도시이며 인구는 3위로 많다.

도쿄의 도로 배치는 에도 시대(1603년~1867년)에 정비된 거리를 바탕으로 형성되어 있기 때문에 바둑판형으로 만들어져 있지 않다. 또한, 거리에 이름이 붙어 있지 않은 경우도 많아서 불규칙하게 뒤얽혀 있거나 좁은 길이 많은 지역에서는 길을 헤매기 쉬우므로 역과 백화점 등 알기 쉬운 시설을 지표로 삼고 걷자. 역 출구 부근에는 주변 지역의 지도 표지판이 많이 서 있다.

도쿄 도는 23개의 구로 나뉘어 있다. 규모가 큰 지역으로는 신주쿠, 시부야, 이케부쿠로, 우에노, 도쿄, 아키하바라 등이 있다. 이들 거리는 야마노테 선이라는 순환 철도 노선 위에 위치하고 있다. 역에 직접 연결된 역 앞의 건물, 통칭 '역 빌딩'엔 백화점이나 음식점 등 점포들이 많이 들어서 있다.

일본의 대도시는 교통망이 매우 발달해 있어 이동이 쉽다. 전철과 버스는 수 분 간격으로 운행하고 있으며 거의 정각에 맞추어 운행되고 있다. 또한, 음식점과 점포 등 가게의 수와 종류가 풍부하며, 특히 밤늦게까지 운영하는 가게가 많은 점도 매력 중 하나이다.

대도시의 관광 명소와 쇼핑 지역은 토, 일요일과 공휴일 등의 연휴에는 혼잡한 경우가 있다. 또한, 평일 아침 통근으로 이용자가 많은 시간대에는 '만원 전철'이라고 불릴 정도로 전철이 혼잡하다. 간토 대도시권에서는 통근에 전철을 이용하는 사람들이 많으며 통근 시간도 길다. 1시간 이상 걸려 통근하는 사람이 전체의 30% 전후라는 데이터가 있을 정도이다. 러시아워 시간대엔 몸을 움직일 수 없을 정도로 사람들이 많이 타는 경우가 있다.