日本では縄文時代の遺跡に「貝塚（かいづか）」と呼ばれる「古代のゴミ捨て場」があり、ヤマトシジミやハマグリ、牡蠣、鮭、鱒といった魚貝類の食べ残しが見つかっている。
また江戸時代後期頃までは肉を食べることが一般的ではなく、魚介類を食べることが多かった。当時は近海漁業が基本だったので、調理される魚介類はほとんどが磯でとれたものだった。握り寿司が生まれたのも、江戸時代である。

刺身や寿司、煮付け、ブリしゃぶ、汁物など日本食で幅広く使用される。旬は冬で、特に脂がのった冬のブリは「寒ブリ」と呼ばれ人気がある。

伊勢海老は、甲冑を着込んだ勇猛果敢な侍を連想させる見た目や「威勢が良い」という語呂合わせから縁起物としても重宝されていおり、正月飾りなどでも使用されている。
刺身や汁物などで、濃厚な海老の風味とプリプリの食感を堪能できる。

生食や焼き牡蠣だけでなく、味噌で味付けされた牡蠣の土手鍋やカキフライ、牡蠣グラタンなど色々な牡蠣料理がある。冬になると、広島や北海道などの牡蠣がとれる港町では観光客に向けた牡蠣を食べるツアーやイベントが企画される。

ハマグリは縄文遺跡からも出土されており、室町時代には養殖が始まった日本でよく食べられている貝類のひとつ。また貝殻の部分は貴族の遊戯である「貝合わせ」や、「囲碁」の碁石にも使用されてきた。
酒蒸しやお吸い物、炭火焼、土瓶蒸し、クラムチャウダーなど、多彩な調理方法がある。