Dua pertiga daripada tanah Jepun adalah sebuah gunung, dan pergunungan tersebut pada ketinggian 3000 m yang bersambung secara berterusan di Honshu dipanggil sebagai bumbung Jepun. Di Shirakami iaitu seluruh warisan dunia yang terdapat di wilayah Akita dan Aomori hutan semula jadi Buna yang terbesar di dunia diasingkan. Di sana, selain daripada kambing gurun yang menjadi khazanah alam sesebuah negara, terdapat banyak haiwan seperti beruang hitam dan monyet Jepun yang menghuninya.

Dalam empat warisan semula jadi dunia, hutan milik negara adalah 90% daripada jumlah keseluruhan, oleh itu kawasan ekosistem perlindungan hutan telah diwujudkan, dan ia telah diuruskan oleh negara ini. 90% daripada pulau Yakushima yang terletak kira-kira 60 kilometer dari arah paling selatan pulau utama Kyushu ke selatan adalah hutan. Di anak sungai di pergunungan dan lumut yang terletak di dalam hutan yang dilindungi, terdapat juga beberapa pokok-pokok besar yang dikenali sebagai Yakusugi yang berusia lebih 1000 tahun. Salah satu Yakusugi yang diberi nama "Cedar Jomon" dikenali sebagai pohon cedar yang paling tebal di Jepun.

Di lautan Jepun, dikatakan bahawa terdapat 50 spesies mamalia marin, 122 spesies burung, kira-kira 3,700 spesies ikan air masin yang mendiaminya. Kepulauan Ogasawara yang dimiliki oleh wilayah Tokyo, mempunyai kira-kira 30 buah pulau, lautan yang mengelilingi mereka mempunyai ciri-ciri warna terang,dan ia dikenali sebagai "Boninburu". Di samping itu, oleh kerana Jepun tidak pernah menjadi tanah yang bersebelahan dengan benua lain walau sekali pun, maka ekosistem tersendiri telah dibina supaya banyak haiwan yang jarang ditemui. Oleh itu, ia telah dipanggil sebagai "Galapagos Timur".

Shiretokohanto di Hokkaido adalah landskap semula jadi yang kaya dengan hutan dan tasik, dan dikenali sebagai tempat yang memiliki ekosistem tersendiri. Ekosistem marin yang kaya dapat dilihat melalui kandungan nutrien yang dibawa oleh ais yang terapung, dan memudahkan penghasilan plankton yang dijadikan makanan. Di samping itu, ekosistem marin dan ekosistem daratan yang saling memerlukam antara satu sama lain juga mempunyai ciri- ciri ekosistem yang unik. Sebagai contoh, untuk makan salmon yang hidup di Shiretoko, terdapat berbagai jenis hidupan seperti beruang coklat dan helang laut dalam persekitaran yang memudahkan mereka.