일본에는 전국 각지에 과학박물관이 있으며, 연어의 산지인 홋카이도에 있는 삿포로 시 도요히라가와 연어 과학관, 도요타 자동차가 있는 아이치 현 도요타 시에 있는 도요타 박물관처럼 지역의 특성을 살린 것이 많다. 로봇과 우주 등 과학적인 전시물이 있는 곳 외에도 요코하마 시에 있는 컵라면 박물관과 같이 한 가지의 주제를 깊이 파고든 박물관도 있다.

도쿄 도 우에노에 있는 국립 과학박물관은 자연과 과학에 관한 종합적인 박물관으로, 공룡 화석의 표본 등 귀중한 자료가 진열되어 있다. 도쿄 도 고토 구에 있는 과학 미래관에서는 로봇과 우주에 관한 전시가 열린다. 이바라키 현 쓰쿠바 시에 있는 JAXA 쓰쿠바 우주 센터에서는 우주 관련 전시를 보거나 우주 비행사의 실제 훈련 공간을 견학할 수 있다. 또한, 우주 관련 연구의 중추 역할을 담당하고 있는 시설이기도 하다.

산과 하천이 많고 바다로 둘러싸여 있어 다양한 지형이 존재하는 일본에는 특정 자연과 관련된 박물관도 여럿 있다. 가령 세계 유수의 칼데라가 있는 구마모토 현의 아소 산 근처에는 아소 화산 박물관이 있다. 이곳에선 늘 화산 분화구를 생중계하고 있어, 출입이 제한되었을 때의 모습을 견학하는 귀중한 체험을 할 수 있다. 니가타 현 이토이가와 시에 있는 포사 마그나 뮤지엄은 암석과 광물을 관찰할 수 있다는 특징을 살린 박물관이다.

최근의 플라네타륨은 박력 있는 CG 영상을 사용한 최첨단 디지털 영상과 음악, 아로마 힐링이나 커플이 편히 쉴 수 있는 좌석 등 다양한 취향을 한데 모아 놓았다. 도쿄의 오시아게에 있는 코니카 미놀타 플라네타륨 '"천공" in 도쿄스카이트리 타운(R)'과 이케부쿠로에 있는 '"만천" in Sunshine City' 등은 관광지에서 즐길 수 있는 플라네타륨이다.

일본의 박물관은 17시 무렵에 닫는 경우가 많으니 주의할 필요가 있다. 금요일엔 20시까지 개관하는 경우도 있다. 또한, 월요일은 휴관일, 일본 공휴일은 개관일일 때가 많다. 박물관에 따라선 스마트폰용의 외국어 대응 음성 안내 앱을 배포하고 있으니 꼭 활용해보길 바란다.