在日本全國各地都有科學博物館，在鮭魚產地的北海道有札幌市豐平川鮭魚科學館、在豐田汽車總部的愛知縣豐田市有豐田博物館等等，多數是充分地發揮了當地地區的特性。除了有機械人跟宇宙等等科學方面的展覽物之外，在橫濱市也有像杯麵博物館那般，將單一的主題發揚光大的博物館。

東京都上野的國立科學博物館是關於自然跟科學方面的綜合性博物館裡，展示著恐龍化石的標本等等珍貴的資料。東京都江東區的科學未來館展示著有關機械人跟宇宙的物品。在茨城縣筑波市的JAXA筑波宇宙中心，可以觀賞到宇宙相關的展示品，也可以參觀到宇宙飛行員的實際訓練場所。此外，也有肩負著對宇宙方面相關研究的中樞地位的設施。

高山跟河川眾多且四面環海，具有各種地勢的日本，也擁有許多有關特定的自然環境的博物館。比如，在世界屈指可數的火山凹地的熊本縣阿蘇山附近，有座阿蘇火山博物館。在此地，經常會將火山活動做即時轉播，也可以參觀到登山管制時的模樣的珍貴體驗。在新瀉縣系魚川市的中央大地溝帶博物館，充分利用了能觀察到岩石跟礦物的特色的博物館。

最近的天文館，搭載了具有魄力的CG影像處理的高科技數位影音，有香氛療癒跟舒適寬敞的情侶座椅等等，滿足了各式各樣的需求取向。能夠盡情地享受在東京都押上的柯尼卡美能達天文館「“天空”in 東京晴空塔城®」以及位於池袋的「“滿天”in 陽光城」等觀光地的樂趣。

請注意日本的博物館多於17:00左右關門。另外也有的會在週五延長開放到20:00。此外，大多數週一為休館日，但逢日本的國定假日時則會對外開放。有的博物館，可以使用智慧型手機下載對應外國語言的語音導覽APP，敬請充分利用。