일본의 주요 항공사라고 하면 일본항공(JAL)과 전일본공수(ANA)가 있다. 일본항공은 국내뿐만 아니라 해외 각지로 이어진 폭넓은 네트워크를 갖고 있다. 세계 1위의 정시 도착률을 자랑하며, 그 안정된 품질은 승객의 두터운 신뢰를 받고 있다. 영국의 SKYTRAX사가 인증하는 항공사 평가에서 JAL의 이코노미 시트 및 비즈니스 시트의 스카이 스위트가 각각 「베스트 에어라인 시트」 상을 받았다. (16년 4월 현재)

전일본공수(ANA)는 하네다 공항을 통한 이착륙의 약 70%를 점유하고 있다. 영국의 SKYTRAX사가 인증하는 종합적인 항공사 평가에서 2013년부터 연속으로 「5성」을 획득했다. 유일하게 ANA가 5성을 획득했다. 국제선은 아시아, 유럽, 아메리카 방면으로 운행하고 있다(2016년 4월 현재).

LCC는 「Low Cost Carrier」의 앞글자를 딴 단어로 서비스 간소화를 통해 저렴한 가격으로 이용할 수 있는 「저가 항공사」다. 일본 기업으로서는 최초인 「Peach」, ANA 홀딩스가 100% 출자한 「바닐라 에어」, 일본 국내와 아시아・태평양 지역의 60개 도시 이상으로 취항하는 「제트 스타」, 중국의 LCC인 「춘추항공」 등이 있다.

LCC는 이벤트성으로 세일을 할 때가 있어, 파격적인 가격으로 항공 티켓을 구할 수도 있다. JAL과 ANA는 사전에 예약하면 저렴해지는 「사키도쿠(先得)」, 「하야와리(早割)」 등의 티켓이 있다.

JAL, ANA 등은 국내선에서 커피와 홍차, 주스 등의 음료 기내 서비스가 있다. LCC는 기본적으로 기내 서비스가 유료다. 국제선에서도 동일하며, JAL과 ANA는 무료지만 LCC는 유료인 경우가 대부분이다.

핸드백 등 소지품 이외에 아래 조건의 수화물은 반입할 수 있다. JAL과 ANA 모두 10kg 이내. 이코노미 클래스 기준으로는 높이 55cm, 폭 40cm, 깊이 25cm 이내이며, 세 변의 합이 115cm 이내로 정해져 있다. 무게는 JAL, ANA 모두 10kg 이내다. 변경될 수도 있으니 사전에 확인이 필요하다.

국내선은 각 항공사에 따라 달라진다. JAL과 ANA는 비행기 좌석 수가 100석 이상인 항공편은 위의 국제선과 같은 기준이지만, 100석 미만이면 국제선 기준보다 5cm씩 작고, 세 변의 합이 100cm 이내다. 스카이마크와 Peach는 JAL, ANA와 같은 수준이다. 반면 제트 스타는 합계 7kg, 높이 56cm, 폭 36cm, 깊이 23cm로 정해져 있다. 변경될 수도 있으니 사전에 확인이 필요하다.