Syarikat penerbangan utama di Jepun ialah Japan Airlines (JAL) dan All Nippon Airways (ANA). Japan Airlines bukan sahaja menawarkan penerbangan domestik malah turut menghubungkan rangkaian luas luar negara. Selain terkenal sebagai syarikat penerbangan yang mempunyai kadar ketepatan waktu ketibaan terbaik di dunia, kestabilan kualiti yang tinggi juga menjadi faktor kepercayaan pengguna terhadap syarikat ini. Ini terbukti menerusi penilaian yang telah dilakukan oleh syarikat konsultansi penerbangan British iaitu SKYTRAX yang telah mengiktiraf perkhidmatan Sky Suite JAL untuk tempat duduk kelas ekonomi dan kelas bisnes dengan anugerah "Best Airline Seats" bagi kategori masing-masing (terkini April, 2016).

All Nippon Airways (ANA) memiliki hampir 70% daripada jumlah slot pelepasan dan pendaratan kapal terbang di Lapangan Terbang Haneda. Syarikat ini telah mendapat penilaian tertinggi bertaraf 5 bintang berturut-turut sejak tahun 2013 melalui penilaian yang dilakukan oleh syarikat konsultansi penerbangan British iaitu SKYTRAX. All Nippon Airways merupakan syarikat penerbangan yang pertama di Jepun yang mendapat pengiktirafan 5 bintang. Laluan penerbangan antarabangsa bagi ANA termasuklah Asia, Eropah, dan Amerika terkini April, 2016).

LCC diambil daripada perkataan “Low Cost Carrier” merupakan syarikat penerbangan yang menawarkan perkhidmatan tambang murah yang kini semakin berkembang luas di Jepun. LCC di Jepun merangkumi “Peach” yang merupakan syarikat yang pertama di Jepun yang menceburi bidang ini, “Vanilla Air” yang merupakan 100% pelaburan ANA Holdings, “Jetstar” syarikat yang membuat penerbangan ke lebih dari 60 buah bandar di benua Asia dan Oceania, juga LCC China “Spring Airlines” termasuk dalam kategori yang sama.

Bagi perkhidmatan LCC, pengguna berpeluang mendapatkan tiket penerbangan dengan kadar harga runtuh ketika jualan murah besar-besaran diadakan. Bagi pengguna perkhidmatan JAL dan ANA pula, pengguna berpeluang mendapat potongan harga tiket dan diskaun pembeli terawal sekiranya membuat tempahan awal.

Bagi penerbangan domestik untuk JAL, ANA dan lain-lain, minuman ringan seperti kopi atau teh, jus dan lain-lain dihidangkan secara percuma di dalam pesawat. Secara umumnya, LCC mengenakan bayaran untuk hidangan di dalam pesawat. JAL dan ANA juga menghidangkan makanan secara percuma bagi penerbangan antarabangsa, manakala kebanyakkan LCC pula mengenakan bayaran bagi hidangan ketika penerbangan.

Selain beg tangan dan seumpamanya, bagasi tangan yang dibenarkan dibawa masuk bersama-sama kedalam pesawat adalah tertakluk kepada syarat-syarat di bawah. Jumlah kedua-duanya mestilah tidak melebihi 10kg. Bagi penerbangan kelas ekonomi, saiz bagasi yang dibenarkan adalah tidak melebihi 55cm tinggi, 40cm panjang, 25cm lebar, dan jumlah panjang ketiga-tiga sisi mestilah tidak melebihi 115cm. Berat bagasi yang dibenarkan untuk penerbangan JAL dan ANA mestilah tidak melebihi 10kg. Anda dinasihati supaya memeriksa dengan syarikat penerbangan terlebih dahulu berkenaan perkara ini kerana ada kemungkinan berlaku perubahan polisi syarikat.

Bagi penerbangan domestik, ia berbeza mengikut syarikat penerbangan. Bagi syarikat penerbangan seperti JAL dan ANA yang mempunyai bilangan kerusi penumpang melebihi 100 unit, kriteria bagasi yang dibenarkan adalah sama seperti kriteria bagasi penerbangan antarabangsa, manakala bagi pesawat yang mempunyai bilangan kerusi penumpang kurang daripada 100 unit, saiz bagasi yang dibenarkan adalah 5cm kurang bagi setiap sisi dan jumlah panjang ketiga-tiga sisi bagasi adalah tidak melebihi 100cm. Skymark Airlines dan Peach juga mengenakan syarat yang sama seperti JAL dan ANA. Manakala, Jetstar Japan pula menghadkan berat bagasi kepada 7kg dan saiz yang dibenarkan adalah tidak melebihi 56cm tinggi, 36cm panjang dan 23cm lebar. Anda dinasihati supaya memeriksa dengan syarikat penerbangan terlebih dahulu berkenaan perkara ini kerana ada kemungkinan berlaku perubahan polisi syarikat.