日本の国土の3分の2は山地となっており、本州には日本の屋根と呼ばれる標高3000m級の山脈が連なる。世界遺産である秋田県・青森県にまたがる白神山地には、人間の影響を全く受けていない世界最大規模のブナの自然林が分布している。西部に位置する33の湖沼群十二湖には、青いインクを流したような色が美しい青池がある。また、国の天然記念物であるクマゲラやカモシカに加え、イヌワシや、ツキノワグマやニホンザルなど4000種にも及ぶ生き物が棲息している。

冒頭で紹介した4つの世界自然遺産は、「国有林」と呼ばれる国が管理する林野が全体の9割をしめており、森林生態系保護地域が定められている。 九州本島最南端から南へ約60キロメートルのところに位置する屋久島は、島の90％が森林。深い渓谷が刻まれ、羊歯や苔で覆われた森の中には、樹齢1000年を越える屋久杉とよばれる巨木がいくつもあり、中でも樹齢が推定3000年とも言われる「縄文杉」と名付けられた1本の屋久杉は、日本で最も太いスギの木として知られる。

日本の海には、海棲哺乳類のうちの50種 、海鳥のうちの122種、海水魚の約3,700種が生息していると言われている。
東京都の特別区に属する小笠原諸島は、大小30ほどの島々を有し、それらを囲む海は深みのある鮮やかな色が特徴で、「ボニンブルー」と呼ばれている。また、大陸と一度も地続きになった事がないため、島の生物は独自の進化を遂げ、クロアシアホウドリやオガサワライトトンボ、テリハハマボウなど希少な動植物が多く、「東洋のガラパゴス」とよばれている。

北海道の知床半島は、森林や湖などの豊かな自然風景と、多様性に富んだ生態系で知られている。流氷により栄養分が運びこまれ、それを餌とするプランクトンが発生しやすく、豊かな海洋生態系が見られる。また、海洋生態系と陸上生態系が相互に関係し合う特異な生態系が見られることも特徴で、例えば、知床に生息するサケを餌に、ヒグマや、オオワシなどの多様な生き物が高密度で生息しやすい。また、国際的に希少なトド、マッコウクジラの生息も確認されている。