Kemudahan penginapan unik Jepun yang turut mendapat perhatian tinggi daripada luar negara di kebelakangan ini adalah hotel kapsul. Kemudahan ini pada mulanya dibina untuk kegunaan pekerja yang sedang dalam lawatan bisnes, tetapi ia menerima semakin ramai pengguna wanita tahun demi tahun. Perkara yang perlu diberi perhatian adalah gaya ringkasnya yang hanya membariskan katil-katil dua tingkat. Kemudahan ini hanya digunakan untuk tidur, dan kebiasaannya terletak di pusat-pusat bandar. Oleh itu ramai pengunjung yang menggunakannya selepas minum di bar atau izakaya (kedai minuman arak) berdekatan.

Shukubo adalah kemudahan penginapan yang disewakan oleh kuil. Daya tarikan utamanya adalah pengunjung dapat merasai budaya Jepun yang tersendiri dengan konsep "menginap di kuil". Pengunjung juga dapat menikmati sajian vegetarian, sajian khusus di kuil yang dipanggil "seishin ryori". Apa yang lebih menggembirakan adalah kebanyakannya terletak di kawasan berpemandangan cantik yang dipilih sebagai Taman Jepun ataupun Khazanah Budaya Penting. Antara program yang selalunya ditawarkan adalah zazen (bermeditasi) serta menyalin sutra Buddha. Malah ia juga terkenal dengan pengunjung yang ingin membersihkan hati mereka kerana anda dapat mendengar cerita-cerita daripada sami di sini.

Mimpaku adalah berbeza dengan minshuku (penginapan sewa), di mana ia merujuk kepada penginapan di rumah keluarga biasa. Perkhidmatan Airbnb yang telah tersebar terlebih dahulu di luar negara turut mula tersebar di Jepun. Ia mendapat perhatian sebagai langkah penyelesaian terhadap masalah kekurangan bilik kosong di hotel ketika acara-acara besar di pusat bandar ataupun ketika konsert diadakan. Antara daya tarikannya adalah pada harganya yang murah, serta pengunjung dapat merasai pengalaman budaya di dalam keluarga biasa menjadikannya terkenal juga di kalangan pelancong asing.

Walaupun terkeluar sedikit daripada kategori penginapan, tetapi super sento menyediakan kemudahan 24 jam membolehkan anda beristirehat seketika di dalamnya. Ia mula tersebar di Jepun pada lebih kurang tahun 2000 yang lalu, dan terus tersebar ke serata Jepun. Walaupun setiap tempat menawarkan perkhidmatan yang berlainan, ia mempunyai pelbagai perkhidmatan selain sento (kolam air panas) seperti sauna, tab mandian, jakuzi, kolam mandi terbuka, dan lain-lain. Selain daripada onsen (kolam air panas semulajadi), terdapat juga bilik istirehat serta sudut permainan supaya pengunjung tidak bosan walaupun berada lama di sini.