Di Jepun, terdapat "tempat pembuangan sampah purba," yang dikenali sebagai "bukit kerang (Kaizuka)" di atas runtuhan pada zaman Jomon, di mana sisa ikan dan kerang seperti Corbicula Japonica dan kerang, tiram, salmon dan trout ditemui. Sehingga akhir era Edo, mereka bukan sahaja memakan daging sebagai perkara biasa, malah mereka juga sering makan makanan laut. Oleh kerana aktiviti perikanan adalah asas pada masa itu, makanan laut untuk dimasak sering ditangkap di dalam batu pantai. Malah sushi juga telah dilahirkan pada era Edo.

Ikan selar kuning digunakan secara meluas dalam makanan Jepun seperti sashimi dan sushi, direbus, shabu, sup dan sebagainya. Pada musim sejuk, khususnya ikan selar kuning musim sejuk yang berlemak, ia dikenali sebagai "Ikan selar kuning musim sejuk" dan sangat terkenal.

Udang galah berduri telah digunakan juga sebagai azimat bertuah contohnya sebagai hiasan pada Tahun Baru kerana ia mengingatkan tentang penampilan seorang samurai berpakaian perisai yang gagah dan dirujuk sebagai "semangat yang hebat" kerana persamaan dalam sebutannya. Seperti di dalam sashimi dan sup, anda boleh menikmati udang ini yang kaya dengan rasa dan teksturnya yang lembut.

Tiram bukan sahaja dimakan mentah atau dipanggang, tetapi terdapat pelbagai hidangan tiram seperti nabe tiram yang telah diperap dengan miso, kakifurai, tiram gratin dan sebagainya. Apabila tiba musim sejuk, para pelancong boleh melawat dan merancang acara untuk makan tiram di bandar pelabuhan tiram, seperti Hiroshima dan Hokkaido.

Meretrix Lusoria telah digali dari runtuhan Jomon dan merupakan salah satu daripada kerang yang sering dimakan di Jepun apabila aktiviti pertanian bermula pada zaman Muromachi. Sebahagian daripada kerang juga menjadi permainan "persamaan kerang" bagi golongan bangsawan malah ia juga telah digunakan sebagai batu-batu dari permainan "Go". Terdapat pelbagai kaedah memasak seperti dikukus dalam alkohol atau sup, dipanggang, dikukus dalam teko tembikar, sup krim kerang dan sebagainya.