일본 국토의 2/3는 산지로 되어 있으며, 혼슈에는 일본의 지붕이라고 불리는 해발 3,000m 급의 산맥이 이어져 있다. 아키타 현과 아오모리 현에 걸쳐 있는 세계유산, 시라카미 산지에는 세계 최대 규모인 너도밤나무 자연림이 분포해 있다. 그곳에는 일본 천연기념물인 영양 외에도 반달가슴곰과 일본원숭이 등 많은 동물이 살고 있다.

4개의 세계 자연유산은 국유림이 전체의 90%를 차지하고 있으며, 국가에서 산림 생태계 보호 지역으로 지정하여 관리하고 있다. 규슈 본도 최남단에서 남쪽으로 약 60km 떨어진 곳에 있는 야쿠시마는 90%가 삼림이다. 시냇물과 이끼로 뒤덮인 숲 속에는 야쿠 삼나무라고 불리는 수령 1000년이 넘은 거목이 몇 그루나 있다. '조몬 삼나무'라는 이름이 붙여진 한 그루의 야쿠 삼나무는 일본에서 가장 굵은 삼나무로 알려져 있다.

일본 바다에는 해양 포유류 중 50종, 해조 중 122종, 해수어 약 3,700종이 서식하는 것으로 알려졌다. 도쿄 도에 속하는 오가사와라 제도에는 섬이 30개 정도 있다. 그 섬들을 둘러싼 바다는 깊이가 느껴지는 선명한 색상이 특징으로, '보닌 블루'라고 불리고 있다. 또한, 대륙과 한 번도 연결된 적이 없기 때문에 독자적 생태계를 구축하여, 희귀한 동물이 많다. 그 때문에 '동양의 갈라파고스'라고 불리고 있다.

홋카이도의 시레토코 반도는 삼림과 호수 등, 풍요로운 자연 풍경과 독자적인 생태계로 유명하다. 유빙이 운반해 온 영양분을 먹이로 삼는 플랑크톤이 생기기 쉬워, 풍부한 해양 생태계를 볼 수 있다. 또한, 해양 생태계와 육상 생태계가 서로 관계하는 특이한 생태계를 보이는 것도 특징이다. 예를 들어, 시레토코에 서식하는 연어를 먹이로 하는 갈색 곰과 바다 독수리 등, 다양한 생물이 서식하기 좋은 환경이 만들어져 있다.