짧은 체류 중에 꼭 가고 싶은 가게나 꼭 먹고 싶은 음식이 있을 경우, 예약이 가능한 가게라면 예약을 해두는 것이 안심할 수 있다. 고급 식당 이외에는 예약을 하지 않아도 들어갈 수 있는 곳이 많지만, 특별한 재료를 사용한 요리 등을 주문할 경우에는 예약이 필요할 때도 있다. 또한, 좌식 자리와 의자 자리가 있는 가게에서는 예약할 때 의자, 혹은 좌식 등의 희망 사항을 전달할 수도 있다. 일반적으로 예약비는 들지 않지만, 그 대신 예약할 때 요리 코스를 정해야 하는 경우도 있다.

예약 방법은 식사를 하고 싶은 가게에 전화를 걸어 날짜와 시간, 희망하는 인원수, 이름 등을 전달한다. 예약 방법은 딱히 다른 나라와 다르지 않지만, 연락 없이 예약을 취소하는 것은 매너 위반이다. 라멘집, 우동집 등 캐주얼한 가게에서는 예약을 받지 않는 곳도 있다. 그런 경우에는 당일 직접 가게로 향한다. 특별히 인기 있는 가게의 경우에는 줄을 서서 기다려야 할 때도 있다. 잘 모르겠다면 호텔 프런트에 도움을 청하자.

주문 방법에는 몇 가지가 있지만, 일본의 식당에서는 자리에서 주문을 하는 것이 일반적이다. 가게에 들어가면 점원의 안내에 따라 자리에 착석한 뒤 점원이 메뉴를 건네주므로, 그것을 보고 먹고 싶은 요리를 정해 다시 점원을 불러 자리에서 주문을 하면 된다.

라멘집 등, 주문 전에 계산을 하는 가게도 있다. 선불제인 가게에서는 주문 대신에 먹고 싶은 요리의 '식권'을 사는 경우가 많다. 이런 가게에서는 식권을 판매하는 자동판매기에서 먹고 싶은 요리의 식권을 구입하여 자리에 앉아 점원에게 건네는 것으로 주문이 끝난다. 점원이 식권을 반으로 찢은 경우에는 남은 반을 보관해 둔다. 요리가 완성되어 나오면 남은 반쪽짜리 표를 회수한다. 선불제인 가게인지 아닌지를 구분하는 방법은 입구 근처에 식권 판매기가 있는지 없는지를 확인하면 된다.

일본의 식당에서는 식수는 무료로 제공된다. 가게에 들어가면 일단 점원이 물을 가져오는 경우가 많지만, 캐주얼한 가게에서는 물은 셀프서비스인 경우도 있다. 일식집이나 초밥집에서는 식후에 차를 무료로 제공해 주기도 한다. 그 외의 소프트드링크는 유료이다.

식권을 구입하는 선불제 가게 이외의 일본 식당에서는 계산대에서 계산을 하는 것이 일반적이다. 주문한 요리들 중 마지막 요리가 나올 때 점원이 주문이 맞는지를 확인한 후 전표를 테이블 위에 두고 간다. 식사가 끝나면 그 전표를 가지고 계산대로 향하여 계산을 한다. 또한, 점원에게 팁을 줄 필요는 없다. 일부 고급 식당의 경우에는 점원을 불러 계산대가 아니라 자리에서 계산을 하는 경우도 있다. 또한, 프랑스 요리점 등에서는 캐주얼한 가게라도 그 나라의 풍습에 따라 자리에서 계산을 하는 가게가 많다.

신용카드는 큰 체인점 같은 경우라면 대부분 사용할 수 있다. 하지만 서양만큼 보급률이 높지 않아 개인이 경영하는 작은 식당 등에서는 신용카드를 쓸 수 없는 곳도 많다. 또한, 신용카드를 도입하긴 했지만 런치 타임에는 카드를 사용할 수 없는 가게도 적지 않다. 일본의 식당에서 식사를 할 때는 일본 엔화를 현금으로 가지고 가기를 권한다.