일본 면적의 73%는 산지로 덮여 있다. 일본에서 가장 높은 산은 해발 3,776m 높이를 자랑하는 후지 산이며, 일본 혼슈의 중앙부에는 '일본의 지붕'으로 불리는 해발 3천 미터가 넘는 높은 산이 모여 있어 '일본 알프스'라고 불리기도 한다. 또한, 일본에는 많은 화산이 있으며 가고시마의 사쿠라지마처럼 지금도 활동 중인 화산도 있다.

일본은 섬나라로, 사방이 바다로 둘러싸여 있다. 동쪽과 남쪽은 태평양, 서북쪽은 동해, 서쪽은 동중국해, 북동쪽은 오호츠크 해, 혼슈와 시코쿠 사이에는 세토나이카이가 있다. 그로 인해 어디에서든 풍부한 해산물을 손에 넣을 수 있다.

강물은 어느 곳이나 맑으며 은어 등 민물고기가 잡힌다. 또한, 맑은 강에는 반딧불이 모이기 때문에 일본인들은 여름에 반딧불을 관찰하러 나가기도 한다. 강 근처에서 바비큐 파티나 캠핑을 하는 것도 여름의 즐거움이다. 일본에서 가장 긴 강으로는 니가타 현과 나가노 현에 걸쳐 흐르는 시나노가와가 있다.

일본 각지에서 사계절마다 아름다운 풍경을 즐길 수 있다. 3월 말부터 4월 말에 걸쳐 남쪽에서부터 서서히 벚꽃이 만개한다. 여름에는 뭉게구름이 푸른 하늘에 펼쳐지며, 가을에는 나무에 단풍이 들어 화려해진다. 홋카이도의 시레토코 지방은 자연 유산으로 등록되어 있으며, 겨울에는 유빙을 볼 수 있다.