일본에서 만화의 원점이라 불리는 책이 그려진 시대는 12~13세기로 거슬러 올라간다. 『조수희화』라고 하는 묵으로 그린 그림 두루마기로 동물들이 이족보행으로 인간처럼 노는 모습이 그려져 있다. 「칸」 등은 없어 현대 만화와는 형식이 다르지만, 동물들의 의인화 표현 등 현재 만화에도 통용되는 표현을 볼 수 있다.

데즈카 오사무는 1950년대부터 활약한 만화가다. 대표작으로는 『철완 아톰』『블랙잭』이 있다. 데즈카 오사무는 현재의 만화 형태에 가장 큰 영향을 준 만화가로 일컬어진다. 오른쪽부터 읽는 형식이나, 「칸 나누기」라는 기법을 고안해 냈다. 또 600개가 넘는 방대한 작품을 그렸으며, 만화의 신이라 불린다.

일본의 서점에서는 많은 종류의 만화가 판매되고 있다. 하지만 만화 매장에 있는 것은 모두 일본어로 되어있다. 영어로 번역된 만화는 규모가 큰 서점의 양서 코너에 진열되어 있는 경우가 많다.

일본에서는 프로 만화가 이외에도 취미로 만화를 그리는 사람이 많다. 좋아하는 만화 캐릭터를 사용해 오리지널 스토리를 만들거나, 캐릭터・스토리 모두 오리지널로 그려 내는 등 다양한 만화가 매일 만들어 지고 있다. 취미로 일러스트나 만화를 그리는 사람들이 교류하는 사이트에는 많은 작품이 투고된다. 또 자신이 그린 만화를 인쇄하여 판매하기도 한다.

아마추어 만화 중 하나로 동인지가 있다. 동인지는 인기 애니메이션이나 만화 캐릭터로 오리지널 스토리를 그려 2차 창작하는 것. 동인지를 판매하는 판매회도 일상적으로 열리고 있고, 아키하바라나 이케부쿠로에서는 동인지만 취급하는 판매점도 있다. 일본 최대급의 즉석 판매회가 코믹 마켓이다.

일본에서 흥행한 만화는 해외에서도 번역해 판매되고 있다. 『도라에몽』(후지코・F・후지오 작)『크레용신짱』(우스이 요시토 작) 등의 국민적인 만화는 전 세계에서도 인기가 있고, 애니메이션도 각국의 언어로 방송되고 있다. 소년 만화로는 『드래곤볼』(토리야마 아키라),『NARUTO-나루토-』(키시모토 마사시 작), 소녀 만화로는 『세일러문』(타케우치 나오코 작), 『카드캡터 사쿠라』(CLAMP 작)도 인기 있다.

일본에서는 스마트폰의 보급에 따라 종이가 아닌 웹상에서 만화를 서비스하는 사이트도 늘어났다. 그중에는 무료로 만화를 볼 수 있는 사이트도 있다. 스마트폰 화면에 맞추어 「오른쪽에서 왼쪽」이 아닌 「위에서 아래」로 읽는 스타일의 만화도 있다.