日本の歴史を知ることができる博物館は、古墳や遺跡・史跡に隣接していることもあり、美術品や当時の風俗がわかるものを陳列しているのが一般的である。他に、建造物をまるごと復元・移築し、建物や庭などを通して当時の趣を伝える野外博物館や、民家園とよばれるものがある。また職人達の工芸品や民芸が見られる美術館や民芸館も、日本各地に点在している。

東京の上野にある東京国立博物館では、仏像や遺跡から発掘された土器、日本刀、書や絵画など日本の歴史にまつわるさまざまな名品を見られる。東京の小金井市にある江戸東京たてもの園は、江戸時代から昭和初期までの復元建造物が並ぶ野外博物館である。また、大阪にある国立民族博物館は、日本のみならず世界の文化についての幅広い資料が陳列されている。

千葉県の佐倉市には国立歴史民族博物館があり、原始時代から古代、現代に至る時代背景が分かる資料が展示されている。他に、江戸時代中期の古民家が復元された宮城県の多賀城市にある東北歴史博物館も有名だ。また、大阪府にある万博記念公園内の大阪日本民芸館、陶芸の里として知られる栃木県の益子参考館など、その地方の特性を持った博物館も日本各地に多数ある。