Terdapat muzium sains di setiap kawasan di Jepun seperti Sapporo Salmon Museum iaitu tempat pengeluaran salmon di Hokkaido, Toyota Museum di Toyota, Aichi Prefecture yang menggunakan ciri-ciri kawasan setempat. Selain daripada bahan pameran yang berunsurkan sains seperti robot dan angkasa lepas, terdapat juga Cup Noodle Museum di Yokohama.

National Museum of Nature and Science yang terletak di Ueno, Tokyo adalah sebuah muzium komprehensif berkaitan sains dan alam semula jadi, bahan-bahan berharga seperti spesimen fosil dinosaur dipamerkan di sini. National Museum of Emerging Science and Innovation yang terletak di Koto-ku, Tokyo mempamerkan berkaitan robot dan angkasa lepas. Anda boleh melihat pameran berkaitan angkasa lepas di JAXA Tsukuba Space Center yang terletak di bandar Tsukuba, Ibaraki Prefecture dan boleh membuat lawatan sambil belajar di ruang latihan sebenar angkasawan. Ia juga memainkan peranan sebagai pusat penyelidikan berkaitan angkasa lepas.

Pelbagai rupa bumi Jepun terjadi akibat dikelilingi oleh gunung dan sungai menyebabkan banyak muzium dipenuhi dengan alam semula jadi. Sebagai contoh, berdekatan Gunung Aso di Kumamoto Prefecture yang mempunyai salah satu kaldera paling terkemuka di dunia terdapat sebuah muzium gunung berapi Aso. Di sini, anda dapat merasai satu pengalaman berharga apabila melihat secara langsung keadaan letusan. Di Fossa Magna Museum di Itoigawa, Nigata Prefecture anda boleh melihat ciri batu dan mineral yang digunakan di muzium ini.

Planetarium menggunakan CG visual yang mengandungi visual dan muzik digital, aroma penyembuhan dan tempat duduk selesa bagi pasangan. Anda juga boleh melawat ke Konika Minolta Planetarium ""Tenku" di Tokyo Skytree Town (R)" di Tokyo dan ""Manten" di Sunshine City" di Ikebukuro.

Perlu diingatkan bahawa kebanyakan muzium di Jepun ditutup pada pukul 5 petang. Ada juga muzium yang dibuka hingga pukul 8 malam pada hari jumaat. Selain itu juga, ia ditutup pada hari Isnin dan kebanyakannya dibuka ketika cuti umum Jepun. Bergantung pada muzium, anda akan diberikan aplikasi audio panduan bahasa asing yang boleh digunakan pada telefon pintar.