Pada 660 tahun sebelum Masihi, Jepun mempunyai sistem beraja yang kini masih berterusan dan dikenali sebagai "keluarga di raja". Oleh kerana itu, ia diiktiraf sebagai negara yang tertua di dunia oleh Guinness. Bangunan seperti kuil Horyuji iaitu pagoda lima tingkat dibina pada lewat abad ke-6 zaman Asuka dan Great Buddha Kamakura dibina pada era Kamakura abad ke-12. Selepas melalui tempoh perang, Shogun dipindahkan ke zaman Edo yang berterusan sehingga tahun 1868. Seterusnya melalui perang kali kedua, tempoh pertumbuhan meningkat tinggi selepas perang yang berterusan sehingga kini.

Sejarah Jepun yang dapat dipelajari dari muzium ini, kebiasaannya dipaparkan hasil seni dan kastam ketika itu. Keseluruhan bangunan dipindahkan dan melalui bangunan dan taman, muzium terbuka menunjukkan suasana ketika itu dan ia juga dipanggil taman rumah persendirian. Selain itu, tukang kraf dan seni rakyat dapat dilihat di muzium seni dan muzium seni rakyat yang terdapat di pelbagai kawasan Jepun.

Hasil sejarah Jepun seperti tembikar yang telah digali dari patung-patung Buddha, pedang Jepun, seni kaligrafi dan lukisan dapat dilihat di Tokyo National Museum di Ueno, Tokyo. Edo-Tokyo Open Air Architectural Museum di Koganei Tokyo adalah sebuah muzium terbuka yang dibangunkan semula bangunannya dari zaman Edo hingga awal zaman Showa. Bukan sahaja di Jepun, tetapi pelbagai jenis bahan-bahan tentang budaya serata dunia dipamerkan di National Museum of Ethnology di Osaka.

Terdapat National Museum of Japanese history di bandar Sakura, Chiba Prefecture, bahan-bahan berlatarbelakangkan zaman dahulu kala hingga kini dipamerkan di sini. Selain itu, Tohoku History Museum di Tagajo, Miyagi Prefecture juga terkenal. Terdapat banyak muzium yang mempunyai ciri-ciri tempatan di setiap kawasan Jepun seperti Expo’70 Commemorative Park di Osaka dan Mashiko Sankokan Museum yang juga dikenali sebagai perkampungan tembikar.