Di Jepang ada "kaizuka", yaitu tempat pembuangan sampah purbakala yang merupakan peninggalan zaman Jomon, di sana ditemukan sisa makanan dari berbagai jenis ikan dan kerang, seperti yamato shijimi (remis), tiram, salmon dan ikan trout. Kemudian, sampai akhir zaman Edo, orang Jepang umumnya tidak memakan daging, melainkan banyak memakan jenis hasil laut. Pada masa itu, perikanan lepas pantai menjadi umum dan jenis hasil laut yang diolah kebanyakan adalah hasil tangkapan pantai. Nigirizushi juga lahir pada zaman Edo.

Ikan ekor kuning di Jepang banyak digunakan dalam masakan seperti sashimi, sushi, nizuke (sayuran atau ikan yang direbus dengan kecap asin), buri shabu dan shirumono (sup). Musim ikan ekor kuning adalah ketika musim dingin dan ikan buri berlemak di musim dingin yang disebut "Kanburi" sangat populer.

Penampilan lobster diasosiasikan seperti samurai gagah berani yang berpakaian baju besi dan sejak diplesetkan dari kata "energi yang baik", keluarga udang ini dianggap sebagai jimat keberuntungan dan digunakan juga sebagai hiasan Tahun Baru. Dalam hidangan sashimi atau sup, Anda bisa menikmati cita rasa udang ini yang kental dan teksturnya yang kenyal.

Tiram tidak hanya dimakan mentah atau dipanggang, tetapi ada berbagai macam masakan tiram, seperti dote nabe tiram yang dibumbui miso (bumbu dari fermentasi kedelai, garam dan ragi), kakifurai (tiram goreng tepung) dan gratin tiram. Memasuki musim dingin, di kota pelabuhan seperti Hiroshima dan Hokkaido yang bisa mendapatkan tiram diadakan acara atau tur bagi wisatawan untuk menikmati tiram.

Hamaguri juga ditemukan di galian reruntuhan zaman Jomon dan merupakan salah satu jenis kerang yang banyak dikonsumsi di Jepang yang mulai dibudidayakan pada zaman Muromachi. Kemudian bagian cangkangnya juga digunakan dalam permainan para bangsawan yang disebut kaiawase (mencocokkan bentuk dan gambar dalam kerang) dan sebagai pengganti batu dalam permainan igo (othello). Ada banyak cara mengolah hamaguri, seperti sakamushi (hasil laut yang dibumbui garam dan sake lalu dikukus), osuimono (sup dengan kaldu bening), dibakar di atas arang, dobinmushi (makanan yang dikukus dalam teko gerabah) dan clam cowder (sup krim kerang).