日本最古老的聚落遺跡是約5000年前的東西。日本各地都有聚落的遺跡，大多成為博物館或展示館，陳列出土的日用品或宗教器具給觀光客觀賞。也有展示當時建築物複製品的設施，可以體會一下古代住民們的生活。
青森縣內的「三內丸山遺跡」是大約5000年前，是現今日本最大型的聚落遺跡。在長崎縣的「野首‧舟森聚落遺跡」是相當知名的基督教徒於1880年至1970年間潛伏在日本的聚落遺跡。

日本在第二次世界大戰後成立了很多追求工作的勞動者們聚集的聚落。之後有些地方因為產業的撤退而成為廢墟，這些廢墟是瞭解產業狀況和人口流動關聯性的最佳範例。最有名的廢墟是稱做「軍艦島」的端島，在採礦最興盛的時期，有5000人生活在這個小島上。現在這個島是無人島，成為一窺20世紀初日本急速產業化興衰的人氣觀光景點，日本採礦產業在1960年代衰退，短短數十年間關畢了很多礦坑，像這樣的礦山都市在日本到處可見，除前述的端島之外，秋田縣的「尾去澤礦山」、岩手縣被霧包圍的「松尾礦山」、栃木縣的「足尾銅山」都很有名。

日本有些聚落遺跡被整備成為知名觀光景點，近代廢止的產業聚落遺跡多數設立在人煙稀少的地方，現在都是禁止近入的狀況。
想要探訪聚落遺跡或廢墟並不簡單。即使如此還是想一窺曾經在此生活的人們究竟的話，建議來趟聚落遺跡探險之旅吧。