Coklat dikatakan mula tiba di Jepun buat pertama kali pada tahun 1797. Pada tahun 1900, ia mulai diimport masuk tetapi pada zaman tersebut hanya golongan kelas atasan yang menikmati coklat sebagai ubatan, bukan sebagai manisan. Pada tahun 1920 an, ia mulai dihasilkan di kilang Cocoa dan semakin tersebar meluas ke seluruh Jepun. Sejak daripada itu, ia menjadi semakin terkenal dan merupakan manisan seharian orang Jepun pada masa kini.

Di Jepun, terdapat banyak coklat yang manis tetapi terdapat juga coklat berperasa pahit seperti coklat hitam dan coklat pahit yang dijual di sini. Bukan sahaja coklat yang berbentuk bar, malah terdapat banyak jenis coklat seperti yang mengandungi badam dan kekacang di dalamnya serta bercampur dengan biskut. Ia banyak dijual di kedai serbaneka dan pusat membeli-belah membolehkan anda merasai coklat pelbagai jenis perasa. Selain itu, manisan Inggeris yang menggunakan coklat seperti parfait, brownies dan kek juga terkenal di Jepun.

Salah satu unsur penting dalam budaya coklat di Jepun adalah Valentine's Day (Hari Kekasih) pada 14 Februari. Ia merupakan hari di mana perempuan akan memberikan coklat kepada lelaki yang disukainya. Apabila tiba musim ini, banyak coklat yang dibalut sebagai hadiah tersusun di kedai-kedai. Bukan sahaja kepada lelaki yang disukai, malahan terdapat ramai juga perempuan yang menghadiahkan coklat kepada kawan dan rakan sekelas lelaki. Pada 14 Mac pula, lelaki akan menghadiahkan coklat kepada perempuan sebagai "balasan kepada Hari Kekasih" pada hari yang dikenali sebagai "White Day" ini.

Inovasi coklat di Jepun juga boleh didapati dengan banyak. Antaranya adalah coklat berperisa teh hijau. Kemanisan coklat bersama-sama dengan kepahitan teh hijau merupakan gabungan rasa yang amat bersesuaian. Selain itu, "choco okaki" yang diperbuat daripada keropok beras panggang ala Jepun yang disaluti coklat dan kuih tradisional Jepun iaitu yokan yang diperbuat daripada agar-agar dan kacang merah yang dicelup dengan coklat juga amat terkenal.