Adalah lebih selamat jika anda membuat tempahan kedai bagi kedai yang membenarkannya, jika ada kedai yang anda ingin pergi atau makanan yang anda ingin sangat makan dalam tempoh penginapan yang singkat. Walaupun kebanyakan kedai makan kecuali kedai makan mewah, boleh dimasuki tanpa membuat tempahan, terdapat beberapa kedai makan memerlukan tempahan, sekiranya anda ingin memesan hidangan yang menggunakan bahan makanan istimewa. Selain itu, bagi kedai yang mempunyai zon duduk di kerusi meja dan zon duduk di lantai tatami, anda dapat memilihnya dengan suka hati semasa membuat tempahan. Biasanya caj tempahan tidak dikenakan, namun ada kalanya anda perlu memberitahu pilihan hidangan anda ketika membuat tempahan.

Cara untuk membuat tempahan adalah, dengan menelefon kedai yang anda ingin pergi, dan memberitahu kepadanya tarikh dan masa, bilangan orang serta nama dan sebagainya. Cara tempahan adalah hampir sama dengan negara lain, namun pembatalan tanpa sebarang makluman adalah perbuatan yang tidak beradab. Sesetengah kedai yang kasual seperti kedai ramen dan kedai udon tidak menerima tempahan. Jika demikian, anda boleh pergi ke sana terus pada hari itu. Sekiranya kedai tersebut agak luar biasa popularitinya, anda mungkin kena beratur dan menunggu giliran anda. Jika anda tidak pasti tentang hal ini, sila berbincang di kaunter hadapan hotel.

Terdapat beberapa cara untuk membuat pesanan, namun di kedai makan Jepun, biasanya pelayan kedai akan mengambil pesanan di tempat duduk. Ketika anda memasuki kedai, pelayan kedai akan menunjuki tempat duduk dan memberi menu kepada anda, oleh itu lihatlah menu dan buat keputusan hidangan mana yang anda ingin, panggil pelayan kedai sekali lagi dan beritahulah pesanan anda.

Seperti kedai ramen dan sebagainya, terdapat kedai yang memerlukan pembayaran sebelum membuat pesanan. Di kebanyakan kedai yang menggunakan sistem prabayar, biasanya anda membeli tiket makan sebagai pengganti pesanan. Kedai sedemikian mempunyai mesin jualan tiket automatik agar anda boleh membeli tiket makanan pilihan anda, lalu menyerahkannya kepada pelayan kedai setelah mengambil tempat duduk. Jika pelayan kedai mengoyakkan tiket tersebut, anda perlu menyimpan sebahagiannya. Ketika hidangan sampai, lebihan tiket itu akan diambil. Untuk mengenal pasti kedai yang menggunakan sistem prabayar, sila perhatikan di sekeliling pintu masuk sama ada terdapat mesin jualan tiket automatik atau tidak.

Kedai makan di Jepun menawarkan air minum secara percuma. Biasanya pelayan kedai akan datang membawa air kepada anda apabila anda memasuki kedai, tetapi ada juga beberapa kedai kasual yang menggunakan sistem layan diri untuk air. Di kedai makanan Jepun dan kedai sushi, ada kalanya teh percuma ditawarkan setelah makan. Minuman ringan yang lain pula dikenakan caj.

Selain daripada kedai yang menggunakan sistem prabayar dengan tiket makan, di kedai makan Jepun biasanya anda akan membuat pembayaran di kaunter bayaran. Apabila hidangan terakhir yang dipesan dibawa, pelayan kedai akan memastikan semua pesanan telah sampai lalu dia akan meletakkan slip di meja. Setelah makan, bawa slip tersebut ke kaunter bayaran dan buat pembayaran. Sebagai tambahan, anda tidak perlu memberi tip kepada pelayan kedai. Terdapat beberapa kedai mewah, di mana anda akan membuat pembayaran di tempat duduk anda, bukan di kaunter bayaran. Selain itu, ada banyak kedai seperti kedai makanan Perancis, yang membuat pembayaran di tempat duduk walaupun ia cuma sebuah kedai kasual, oleh kerana mengikut adat negara asalnya.

Di kebanyakan kedai yang dioperasikan oleh syarikat besar, anda boleh menggunakan kad kredit. Namun, penggunaan kad kredit tidaklah meluas seperti negara-negara di Eropah dan Ameika Syarikat, maka terdapat banyak kedai kecil milik perseorangan tidak menerima kad kredit untuk membuat pembayaran. Selain itu, bukanlah sedikit juga kedai yang menerima kad kredit kecuali waktu makan tengah hari. Saya mengesyorkan supaya anda membawa wang tunai Jepun apabila anda pergi ke kedai makan di Jepun.