Merujuk kepada buku sejarah tertua di Jepun iaitu "Kojiki", terdapat catatan mengenai seni mempertahan diri di Jepun berkaitan Morohanotsurugi (pedang bermata dua), katana (pedang satu mata), hoko (tombak), yumi (panah), dan sumo (gusti). Pada abad ke-7, telah ada mekanisma latihan seni mempertahankan diri secara formal seperti latihan menunggang kuda untuk tentera. Teknik pertempuran satu lawan satu terkenal hingga pertengahan Zaman Kamakura. Pada tahun 1274, serangan oleh Empayar Mongol telah menyebabkan Jepun mulai sedar akan kepentingan serangan secara berkumpulan semasa dalam peperangan. Sebelum itu Jepun tiada taktik peperangan. Menerusi perdagangan dengan negara luar, Jepun turut memasukkan elemen senjata api dalam peperangan sehingga melahirkan teknik mempertahankan diri "hojutsu" (penggunaan senjata api). Disebabkan oleh perubahan zaman dan persekitaran, "seni mempertahankan diri" telah berkembang dangan semakin meluas.

Semasa permulaan Zaman Edo, seni mempertahankan diri bukan sahaja digunakan semasa pertempuran malah mula dianggap penting sebagai amalan untuk "menguasai jalan, melatih kerohanian". Terdapat pelbagai aliran yang lahir dalam seni mempertahankan diri. Seni mempertahankan diri dianggap sebagai sesuatu yang wajib dikuasai malah telah menjadi rutin bagi samurai untuk mengunjungi dojo (gelanggang latihan seni mempertahankan diri) walaupun tidak keluar bertempur.

Seni mempertahankan diri dan seni pertempuran yang wujud sebelum tahun 1868 dipanggil "Kobudou". Aturan asas seni mempertahankan diri terdapat dalam Kobudou. Didalam Kobudou terdapat "kenjutsu" (berpedang), "kyujutsu" (memanah), "jujutsu" (berlawan tanpa menggunakan senjata) dan sebagainya, terdapat juga seni berenang "suijutsu" serta teknik untuk ninja seperti "shinobijutsu" dan "shurikenjutsu". Selaras dengan perkembangan seni mempertahankan diri pada masa kini, perubahan juga berlaku daripada "kenjutsu" kepada "kendo", "kyujutsu" kepada "kyudo", dan "jujutsu" kepada "judo". Malalui arus permodenan, seni mempertahankan diri Jepun ini turut berkembang ke seluruh dunia malah turut dipertandingkan sebagai acara sukan dan bukan setakat seni pertempuran semata-mata.

Selain "seni pertempuran" dan "cara latihan kerohanian", seni mempertahankan diri juga membawa maksud "ketuhanan", mengikut kepercayaan agama "Shinto". Didalam ajaran Shinto yang merupakan agama yang lama di Jepun, seni mempertahankan diri adalah cara untuk menyembah tuhan. Seni mempertahankan diri yang berasaskan Shinto ialah “uchitataku” yang bermaksud "sumo". Terdapat mitos Jepun yang menggambarkan tuhan-tuhan saling bergusti antara satu sama lain dan ini menjadi pencetus kepada permulaan sumo. Selain itu, "yabusame" (memanah sambil menunggang kuda) juga merupakan salah satu upacara ketuhanan yang dipersembahkan di kuil.

"Ninjutsu" merupakan salah satu teknik perisikan yang dijalankan pada Zaman Muromachi. Pada masa kini, ninja dikenali di seluruh dunia disebabkan oleh pengaruh budaya Jepun menerusi filem, animasi dan manga selain membawa imej "pakaian berwarna hitam" dan "menyembunyikan diri". Walaupun pada masa kini juga terdapat dojo (gelanggang latihan seni mempertahankan diri) dan ajaran ninjutsu seperti "Tenshin Shoden Katori Shinto-ryu", "Iga-ryu" dan "Koga-ryu", tempat yang dipanggil sebagai "Sekolah Ninja" ini bukanlah sesuatu yang biasa di Jepun.

Sekolah rendah dan sekolah menengah rendah di Jepun menetapkan "sumo", "judo" dan "kendo" sebagai salah satu subjek wajib yang perlu diambil dan dipelajari pada waktu kelas pendidikan jasmani. Selain itu, untuk mengekalkan dan meneruskan warisan seni mempertahankan diri kuno ini, beberapa pertubuhan seperti "Nihonbudokan" (Dewan Seni Mempertahankan Diri Jepun) dan "Nihonkobudokyoukai" (Majlis Seni Mempertahankan Diri Lama Jepun" telah ditubuhkan. Bukan itu sahaja, terdapat juga pertubuhan seperti "Nihonbudogakkai" (Persatuan Seni Mempertahankan Diri Jepun) yang menjalankan kajian mengenai seni mempertahankan diri dahulu dan kini di Jepun.