기원전 4세기부터 6세기 사이에 석가(붓다 혹은 가우타마・싯다르다)에 의해 창설된 불교는 6세기경에 일본에 전해졌다고 한다. 당시 일본에는 신도라는 독자적인 종교가 있었기 때문에 불교의 포교는 전도다난했지만, 불교로 귀의한 스이코 천황이 592년에 천황으로 즉위한 것을 계기로 상황은 변화하기 시작했다.

섭정으로서 스이코 천황을 섬긴 쇼토쿠 태자는 불교 보급에 크게 기여한 중요 인물 중 한 명이다. 쇼토쿠 태자는 오사카 시텐노지나 나라의 호류지를 비롯해 일본 전역에 수많은 사원을 건립했다. 또한 쇼토쿠 태자는 수많은 일화를 가진 인물로 선종(禅宗)의 개조인 달마를 만난 적이 있다거나 혹은 구세관세음보살의 환생이라는 등의 전설이 남아있다. 그것이 진실인지 아닌지를 떠나서, 그런 쇼토쿠 태자의 일화로 인해 불교 신자는 점점 늘어나게 되었다.

8~9세기 이후 불교는 관념적인 신앙보다 더욱 일상에 뿌리내리게 되고, 이에 더해 일본 고유의 종교인 신도와도 깊은 관계를 맺게 되었다. 이 두 종교는 몇 세기에 걸쳐 공통된 철학적 문제를 다루면서 융합하고, 언제부턴가 일본인의 일상 생활 일부가 되었다. 그리고 신도의 신앙 장소인 신사에 진구지(神宮寺)라는 불교사원이 세워지게 되었다. 또 신사의 참배자가 몸을 정하게 하는 데미즈야가 절에도 만들어지거나, 혹은 불교의 수호수인 고마이누를 두는 신사도 나타나기 시작했다.

1868년 메이지 유신으로 일본 통치자가 쇼군에서 다시 천황으로 바뀐 것을 계기로 불교는 위기에 빠졌다. 대일본제국 정부가 일본 고유의 종교인 신도를 국교로 지정하고 외국에서 전래한 불교를 완전히 구별하는 「신불 분리 정책」을 내놓은 것이다. 이에 따라 「폐불훼석(廃仏毀釈)」이라는 불교를 배척하는 운동이 커지며, 종교 이론적인 구별은 물론, 그때까지 불상 등을 모시던 신사에서 불교적인 요소가 모두 철거되는 등 실질적으로도 큰 영향을 미쳤다.

일본의 젊은 세대 대부분은 자신이 특정 종교를 믿는다고는 생각하지 않는다. 그러나 다양한 행사나 관습이 신도나 불교에서 유래한 것은 사실이다. 결혼식을 비롯한 축전은 신도, 장례식이나 죽음에 관련된 행사는 불교에서 유래한 것이 많다. 또 일본의 일부 가정에는 선조나 불상을 모신 불단, 그리고 그 집을 지키기 위한 신을 모신 가미다나(神棚)라는 두 제단이 놓여있기도 하다.