Dikatakan bahwa sejarah museum di Jepang berawal lebih dari 1.000 tahun silam. Bangunan seperti Shosoin di wihara Todai-ji digunakan sebagai sarana untuk melestarikan dan mengumpulkan buku-buku dan dokumen-dokumen lainnya. Selama periode Edo, pameran untuk produk dari seluruh negeri diadakan untuk tujuan penelitian dan pameran. Orang Jepang yang belajar di Barat pada ahkir periode Edo hingga awal periode Meiji menerjemahkan kata "museum" kedalam bahasa Jepang, sehingga mempopulerkan konsep ini di Jepang.

Museum tertua di Jepang yang sebenarnya adalah "Museum Nasional Tokyo" di Ueno, Tokyo. Pada tahun 1872, ada sebuah pameran yang diadakan dilokasi ini yang menyebabkan museum yang ada saat ini dibangun. Museum Nasional Tokyo memiliki banyak harta nasional dan benda-benda budaya yang penting dari Jepang dan dari seluruh Asia, termasuk patung-patung Buddha, pedang, dan lukisan Buddha.

Museum Nasional Ilmu Alam dan Inovasi yang Baru Muncul (emerging), yang dikenal sebagai Miraikan, memungkinkan Anda mengalami masa depan planet dan ide-ide untuk hidup diluar angkasa berkat penggunaan teknologi mutakhir. Semua pameran, seperti androids, robot, teleskop astronomi, dan stasiun ruang angkasa, membantu pengunjung belajar tentang kekuatan ilmu pengetahuan dan perannya dalam membantu perkembangan umat manusia. Seiring dengan belajar tentang teknologi Jepang, Anda akan dituntun untuk mempertimbangkan tema abadinya yaitu apakah yang saat ini bisa dikontribusikan untuk generasi mendatang, untuk masa depan bumi kita, dan bahkan alam semesta itu sendiri.

Jepang adalah satu-satunya negara didunia yang telah menderita kengerian senjata atom. Kejadian tragis ini selalu diingat, dijelaskan dan dapat dijelajahi di Museum Perdamaian Hiroshima dikota Hiroshima, dan Museum Bom Atom Nagasaki dikota Nagasaki. Keduanya memiliki pameran yang menggambarkan kota pada hari ketika bom dijatuhkan, efek bilamana terkena radiasi, dan proses untuk menuju rekonstruksi. Salah satu dari museum ini akan memberikan pengalaman yang sangat menyentuh dan memberikan pemahaman yang lebih besar tentang pentingnya perdamaian.

Pertama, percakapan keras dan penggunaan ponsel dilarang. Mohon untuk mengatur nada dering telepon Anda menjadi getar (mode-tata krama). Untuk melindungi karya-karya seni yang dipamerkan, makan dan minum didalam museum juga umumnya dilarang. Untuk alasan yang sama, video dan fotografi tidak diizinkan. Beberapa museum bahkan melarang membuat sketsa benda yang dipamerkan. Peraturan setiap museum berbeda-beda, sehingga Anda sebaiknya tanyakan ini kepada staf yang bertugas - di beberapa tempat mungkin diperbolehkan untuk mengambil foto. Beberapa museum memungkinkan Anda untuk masuk hingga 30 menit sebelum waktu penutupan.