Ia dikatakan bahawa sejarah muzium Jepun telah bermula lebih dari 1,000 tahun dahulu. Struktur dan bangunan lama seperti Shosain di kuil Todai-ji digunakan sebagai kemudahan untuk memelihara serta mengumpul buku dan dokumen lain. Pada tempoh Edo, pameran hanya diadakan bagi tujuan penyelidikan sahaja. Orang Jepun yang telah melanjutkan pengajian di negara Barat dalam tempoh akhir Edo dan permulaan tempoh Meiji telah menterjemahkan perkataan "muzium" dalam bahasa Jepun, dan konsep muzium menjadi lebih terkenal.

Muzium yang paling lama di Jepun adalah "Tokyo National Museum" (Muzium Negara Tokyo) di Ueno, Tokyo. Pameran pertama telah diadakan di sini pada tahun 1872 adalah detik permulaan muzium ini. Muzium Negara Tokyo mempamerkan berbagai khazanah negara dan barangan budaya yang penting dari negara Jepun dan dari negara Asia yang lain, termasuk pameran Buddha, pedang dan lain-lain.

Muzium Negara Sains Baharu dan Inovasi (Emerging Sciences and Innovation) atau lebih dikenali sebagai Miraikan, memberikan pengalaman masa hadapan di bumi dan kehidupan luar angkasa dengan teknologi terbaru. Semua pameran seperti android, robot, teleskop astronomi dan stesen angkasa membolehkan pengunjung untuk mempelajari tentang kelebihan sains, serta peranannya bagi pembangunan manusia. Selain belajar tentang teknologi Jepun, pengunjung juga akan dipimpin untuk mempertimbang tentang sumbangan yang boleh diberi oleh generasi baharu kepada masa hadapan Bumi dan alam semesta.

Negara Jepun adalah satu-satunya negara yang telah mengalami keperitan yang disebabkan oleh senjata atomik. Peristiwa trajik ini diingati, diberitahu dan boleh diterokai di Muzium Memorial Keamanan Hiroshima di bandar Hiroshima, serta Muzium Bom Atomik Nagasaki di bandar Nagasaki. Kedua-dua muzium ini menggambarkan situasi di bandar-bandar tersebut pada hari bom atomik dijatuhkan, kesan pendedahan radiasi, serta proses pembinaan semula. Pengunjung boleh mengalami pengalaman yang mendalam, memberikan pemahaman tentang kepentingan keamanan di dunia.

Pertama, penggunaan telefon bimbit serta perbualan dengan suara yang kuat tidak dibenarkan. Sila tukarkan mod telefon bimbit ke mod sunyi (silent mode).

Bagi menjaga pameran seni, makanan dan minuman tidak dibenarkan di dalam muzium. Ada beberapa muzium yang juga melarang pengunjung untuk melakar pameran. Rakaman video dan gambar juga dilarang, atas alasan yang sama. Walaubagaimanapun, setiap muzium mempunyai peraturan yang berbeza. Sila bertanya dengan staf di muzium. Ada sesetengah tempat di dalam muzium yang membenarkan fotografi. Ada juga muzium yang tidak membenarkan pengunjung untuk masuk 30 minit sebelum waktu tutup.