日本的土地面積有73%為山地所覆蓋。富士山是日本的第一高山，海拔高度3,776公尺。而位於日本本州中央，號稱「日本屋頂」的高山群，海拔高度超過3千公尺，又稱「日本阿爾卑斯」。另外日本也擁有很多的火山，其中不乏像是鹿兒島的櫻島這類的活火山。

日本屬島嶼國家，四面環海。東邊與南邊面太平洋，西北邊面日本海，西邊面東海，東北邊面鄂霍次克海，本州與四國間則有瀨戶內海。也因此日本各地都容易獲得豐富的海洋資源。

日本各處的河川水質都相當清澈，能捕捉到香魚等淡水魚類。由於螢火蟲會聚集在清澈的河川附近，夏天時日本人會到這裡來觀察螢火蟲的生態。在河邊附近烤肉或露營，也是夏日十分應景的活動。流經新潟縣和長野縣的信濃川是日本最長的河流。

日本各地都能欣賞到四季不同的美景。從3月底到4月底，櫻花由南往北漸漸盛開。在夏天，遼闊的藍天中飄逸著大朵的積雨雲。秋天隨著楓樹轉紅，風景更加色彩鮮艷。而在被登錄為自然遺產的北海道知床地區，冬天則有流冰造訪。