日本國土的3分之2為山地，於本州更有標高海拔3000公尺，被稱為「日本的屋脊」的連綿山巒。世界最大規模的山毛櫸樹林分布於獲列入為世界遺產，橫跨著秋田縣、青森縣的白神山地。當中除了棲息著日本國家天然紀念物的氈鹿，還有月輪熊與日本獼猴等各種動物。

4處世界自然遺產中，國家森林佔著全體的9成面積，並設有由國家負責劃分及管理的森林生態系保護地域。位於九州本島最南端以南約60公里的屋久島島上，百分之九十的面積為森林。被溪流與綠苔覆蓋的森林中，種有數棵樹齡超過1000年的屋久杉。當中被稱為「繩文杉」的屋久杉更是日本國內最粗壯的一棵杉木。

據說日本海域內棲息著50種海棲哺乳類、122種海鳥，以及約3700種海水魚。所屬東京都的小笠原諸島由30多個島嶼組成，島嶼四周的海洋顏色鮮艷、極具特色，因此有「邦尼藍」的稱號。另外，由於島嶼從來不與陸地鄰接，因而形成了獨自的生態系統，棲息著眾多稀有動物，享有「東洋的加拉巴哥群島」的美譽。

北海道的知床半島，以森林與湖畔等豐富的自然景色與獨特的生態系統聞名。流冰帶來的養分，形成適合浮遊生物繁殖的環境，因而衍生出豐富的海洋生態系統。另一特徵就是海洋生態系統與陸上生態系統互相緊扣的特殊生態系統。例如知床的鮭魚，就為月輪熊與虎頭海雕等多種生物帶來餌食，形成適合牠們棲身的環境。