日本的博物館歷史可追溯到1000多年前。當時在「東大寺」的「正倉院」等處保存並收集了許多書籍文物之類。

日本最早的博物館是東京上野的「東京國立博物館」。1872年在上野舉辦博覽會是「東京國立博物館」創立、開館的起源。館內收藏非常多日本國寶級重要文化財產的佛像、刀械、佛教圖畫等文物。

在「日本科學未來館」中，可以透過走在最尖端的技術，享受到地球的未來及對宇宙的希望等貴重體驗。館內的展示多為人造人、機器人、天文望遠鏡及宇宙太空站等對人類的發展來說不可欠缺的東西，因此在這裡也可以學到科學的睿智。在理解日本的技術能力之餘，還可以接觸到「生活在現代的人類究竟能為未來的地球、宇宙、子孫做些什麼」之類雄偉的主題。

日本是世界上唯一一個被原子彈轟炸過的國家。在廣島有「廣島和平紀念資料館」，在長崎則有「長崎原子彈博物館」。這兩家博物館都展示了在原子彈被投下的那天的景象、原子彈轟炸後的傷亡狀況，和當地在被轟炸過後一直到現在的恢復狀況等等。加深人們對和平的理解。

首先，大聲談笑以及使用手機通話都是被禁止的。手機要設定為靜音模式。為了保護作品，基本上也不允許在館內飲食。
為了保護博物館內作品，基本上是不允許觸摸作品或是拍攝作品的照片及動畫。有些地方甚至會禁止寫生素描。有時也有些作品是可以觸摸或攝影的，因此最好看清楚作品附近的標示，或是跟工作人員詢問一下。有些博物館的最終入館時間是到閉館前30分鐘為止。