日本最早的漫畫，大約起源於12~13世紀。當時被稱為『鳥獸戲畫』的巻書，利用墨筆描繪動物用兩隻腳行走彷彿和人一般遊玩的故事。雖然方式和現代不一樣不是使用格子呈現，但從動物擬人化等手法可以看得出和現在漫畫相同。

手塚治虫是活躍於1950年代的漫畫家。代表作品有『原子小金剛』『怪醫黑傑克』等。他可以說是對現代漫畫最有影響力的漫畫家。編出右邊裝定的「格子」漫畫形式，更有超過600件的作品，被稱為漫畫之神。

日本的書店有很多漫畫出售，但是在漫畫賣場的，全部都是日語漫畫，被翻譯成英語的漫畫，通常大規模的書店會有比較多的翻譯版漫畫。

在日本除了專門的漫畫家，也有很多因為興趣而畫的業餘漫畫家。利用喜歡的漫畫人物製作原創故事，也有自創新角色或是故事，每天都有各式各樣不同的漫畫。很多人會將自己所做的漫畫、插畫等作品放在網路上和人交流。另外，也有人會將自己的漫畫印刷成書出售。

同人誌同樣屬於業餘漫畫。所謂同人誌是將有名的卡通、漫畫的主角畫在自創的故事情節內，算是一種二次創作。平常也都會舉辦販賣同人誌漫畫的現賣會。秋葉原和池袋都有只賣同人誌的專賣店。在日本規模最大的現賣會就是動漫大會的時候。

在日本受歡迎的漫畫，通常都會翻譯成外國語言銷售國外。「哆拉A夢」（藤子・F・不二雄 作）、「蠟筆小新」（臼井儀人 作）等全國性的漫畫在國外也非常受歡迎，卡通片也有各種語言版在國外播放。少年漫畫的話有「七龍珠」（鳥山明 作）、「火影忍者」（岸本齊史 作），少女漫畫有「美少女戰士」（武内直子 作）、「百變小櫻」（CLAMP 作）等，都非常受喜愛。

在日本，隨著智慧型手機的普及，漫畫的形式不再只限於紙本，也有在網路上發表的漫畫作品。還有專門提供免費漫畫供人閱讀的網站。為了符合手機介面，手機版漫畫不像紙本的由右到左閱讀，而是由上往下看。