春天和秋天皆為一整年當中最舒適的時期。可以明顯感受到大地回春的生命氣息，這個時期也可以享受日本春天的風景詩 「賞櫻」的樂趣。各個賞櫻景點都舉行著熱鬧的賞櫻活動。東京的賞櫻時期在3月下旬至4月上旬之間。可是，雖然這個季節有時可感受到陽光溫暖的日子，但常常隔天就有寒流來襲，氣溫一下子降低了很多。

每年5月底至7月中旬為日本的「梅雨」季。在日本會連續下雨的時期。因為隨著氣溫上升，濕度也同時上升，這個時期的天氣非常悶熱又多雨。因為「梅雨」的滯留鋒由南往北移動，所以日本的南部地區較早進入「梅雨」季節，梅雨的滯留鋒北移跨越過整個日本列島需一個月左右的時間。還有，在北海道是沒有「梅雨」的。「梅雨」結束之後，真正的炎熱夏天才正式開始。

根據日本氣象局2016年8月的資料顯示，日本夏季平均溫度是27.6度。但因為濕度偏高，所以感受到的體感溫度會比實際溫度略高，有點黏熱感。說到夏天的活動，不外乎夏天的祭典與煙火大會，7月至8月之間日本各地都有扛著神轎遊街慶祝的夏季祭典活動，並在海岸或河岸也有將夜空點綴燦爛光芒的煙火大會。

8到9月左右來的颱風。若在颱風經過的路徑上，伴隨著豪雨吹送著強風。大眾交通運輸系統也會因此停擺。

秋天和春天相同也是一整年中很舒適的時期，暑氣漸緩，溫度漸降，但空氣較為乾燥。秋天賞楓季節和春天賞櫻季節一樣，在京都、奈良、日光等賞楓景點都吸引非常多的觀光人潮。
在東京，落葉樹種的樹葉在11月開始轉紅、染黃，可容易的在山間或行道樹間觀賞到秋葉紅的景色。此時也有很多文化氣息的地方活動。

到了12月，氣溫降低到了會讓人感覺到有寒意程度。12月底開始，會更是感覺寒冷。1月到3月之間氣溫有時會降到零度以下也不算稀奇。在北陸、東北、北海道開始積雪，特別是面臨日本海側的東海和北陸地區也有積雪數公尺情況。曾經有幾年東京都內也下過大雪。但面臨太平洋側的地區雖然也寒冷但天氣晴朗較不會大量積雪。
12月31日稱為大晦日也就是除夕，在日本有在除夕夜吃麵食的文化習慣。從初一開始的七天期間稱做正月，大家吃著年菜、飲酒作樂，慶祝新年。