在日本全国各地都有科学博物馆，在鲑鱼产地的北海道有札幌市丰平川鲑鱼科学馆；在丰田汽车总部的爱知县丰田市有丰田博物馆等等，多数充分地发挥了当地地区的特性。除了机器人和宇宙等等科学方面的展览物之外，也有如同横滨市的杯面博物馆那样将单一的主题发扬光大的博物馆。

东京都上野的国立科学博物馆是关于自然跟科学方面的综合性博物馆，展示着恐龙化石的标本等等珍贵的资料。东京都江东区的科学未来馆展示着关于机器人和宇宙的物品。在茨城县筑波市的JAXA筑波宇宙中心，可以观赏到宇宙相关的展示品，也可以参观宇宙飞行员的实际训练场所。此外，也有肩负着对宇宙方面相关研究的中枢地位的设施。

高山跟河川众多且四面环海、具有各种地势的日本，也拥有许多有关特定的自然环境的博物馆。比如，在世界屈指可数的火山凹地的熊本县阿苏山附近，有座阿苏火山博物馆。这个博物馆常时直播火山口附近的样子，即使火山口已经限制登山者靠近的时候，也可以通过直播看到入山管制时的模样，是十分珍贵的体验。新泻县系鱼川市的中央大地沟带博物馆则是一个有着能观察到岩石跟矿物之特色的博物馆。

最近的天文馆，搭载了具有魄力的CG影像处理的高科技数字影音，有香氛疗愈跟舒适宽敞的情侣座椅等等，满足了各式各样的需求。在著名观光地，也能够尽情地享受在东京都押上的柯尼卡美能达天文馆"“天空”in 东京晴空塔城®"以及位于池袋的"“满天”in 阳光城"等设施的乐趣。

请注意日本的博物馆多于下午5时左右关门。另外有的馆也会在周五延长开放到下午8时。此外，大多数周一为休馆日，但逢日本的法定假日时则会对外开放。有的博物馆，可以使用智能手机下载对应外国语言的语音导览应用，敬请充分利用。