从贝塚到古坟、京城遗迹、城堡遗址等述说着日本久远历史的国家指定史迹，其总数共1700处以上，其中在历史上与学术上特别重要的史迹被指定为特别史迹。曾经是社寺和社寺境内遗址的“社寺遗迹、旧境内”是日本祭祀与信仰相关的史迹，“社寺”是神社和寺院的总称，“境内”是神社或寺院的所有用地。虽然有些遗址已复原成古代原有的面貌，但是其他几乎是只剩建筑物的基石或纪念碑而已，不过这些地方都是超越时空、令人感到日本悠久历史的圣地。

天平文化灿烂开花的奈良时代，于724年即位的圣武天皇为了借助佛教的力量，平息社会的不安，于是下诏在全国60余地方各国兴建“国分寺”、“国分尼寺”（尼姑庵）。曾是天平时期的寺院建筑耸立的国分寺、尼寺史迹残留于全国各地，不过这些大半数在中世时期便已衰微，如今能够辨识全容的地方已经很少。不过其中的千叶“上总国分尼寺遗迹”，由于挖掘调查活动的进行，如今白墙上朱红色彩夺目的一部分建筑物已被复原，邀请着人们前来探访古老的时光。
这样的国分寺，其总寺院是以奈良大佛而闻名的“东大寺”，因为接连不断的地震、火灾、战火等，建筑物与佛像因而多次销毁之后又重建的寺院境内，仅仅剩下基石的讲堂遗迹和东西两方的七重塔遗迹等分散各处。在这些宏大雄伟的史迹中，繁华兴盛的时光重新浮现。

例如被织田信长烧毁的滋贺县东近江市“百济寺遗迹”；号称有6000僧侣的寺院，因为一向一揆（一向宗门徒的起义）以致寺院全部被烧毁消失的福井县胜山市“白山平泉寺旧境内”；由于火灾而燃烧倒塌的后醍醐天皇所建名刹，爱媛县北宇和郡“等妙寺旧境内”；其他还有因为平城迁都而被弃之不理，因而残留于万叶的故乡“飞鸟”的古代寺院遗迹等等，曾经以其雄伟自豪的祈祷圣地史迹不计其数，可在日本全国各地遇见，从出土的遗物、石墙、石板道、基石等，都可一窥其昔日的风貌。

在位于东京都市中心的大厦屋顶发现到鸟居和小小祠庙的情况也不少，这或许可以当作是一种在寺社遗迹上建造大厦的例子，不过在现代的社会，即使场所迁移至屋顶，似乎也能够得到大家的信仰，参拜者也不在少数。
此外，每20年举行“式年迁宫”，从神殿到供品定期全部换新的伊势神宫，在包括内宫的御正宫（正殿）在内的所有社殿旁都留有被称为古殿地的空地，此空地是在下一次迁宫时重新兴建社殿的新社殿用地，而目前社殿所在的土地在迁宫后也会被称为古殿地，如此在两用地上交替兴建新社殿，轮流被称为古殿地。虽然是等待社殿重新兴建的土地，新社殿用地也散发着独特的气息，只要凝视该处，心中也会自然涌现感谢之念。

虽然也有一些建筑物已复原，或者设立博物馆展示出土遗物等的地方，不过大多数的“社寺遗迹、旧境内”是仅仅设立标识或石碑等，或是树木杂草丛生的地方，想要寻访并非易事。不过，只要事先稍微了解该场所的历史，便能唤起想象力，形象便在脑中浮现。从遗迹石柱的大小可想象当时建筑物的雄伟壮观，从器皿和供品等出土物品可窥见当时人们的信仰情况。无论是太古或是现代社会，即使国籍和宗派不同，人们的祈求与愿望恒久不变。如今，只要置身于失落的“社寺遗迹、旧境内”， 或许就能感到时光的迁移与历史的变迁，产生超越遥远时空的感觉。