Pembinaan untuk menjadikan Stesen Tokyo sebagai pintu masuk ke Tokyo bermula pada tahun 1908. Panjang bangunan stesen 3 tingkat ini mencapai kira-kira 335 meter dan ianya siap dibina menggunakan bata merah berangka keluli pada tahun 1914. Pintu masuk khas disediakan untuk urusan Maharaja di bahagian depan, manakala platform untuk menaiki kereta api terletak di kubah di bahagian Selatan, dan platfom untuk menuruni kereta api pula terletak di kubah di bahagian utara, dataran yang luas juga dibina di hadapan stesen. Bata merah yang digunakan untuk menghiasi dinding luar melebihi daripada 900 ribu ketul.

Tokyo Station Hotel telah dibuka di dalam bangunan Stesen Marunouchi Tokyo pada tahun 1915 iaitu 1 tahun selepas pembukaan Stesen Tokyo. Hotel bercirikan Eropah yang dilengkapi dengan dewan makan dan mempunyai bilik tetamu sebanyak 56 buah ini telah menunjukkan kejayaan dengan mendapat tempahan penuh secara berterusan sejak dari awal pembukaannya kerana mempunyai seni bina yang indah dan kemudahan yang tercanggih. Bangunan stesen ditutup buat sementara waktu untuk menjalankan kerja-kerja pemeliharaan dan pemulihan bersama pengubahsuaian semua fasilitinya yang bermula dari tahun 2006 dan kemudiannya dibuka semula pada tahun 2012. Gambar ini adalah gambar lobi hotel ketika tahun sekitar tahun 1934∼1935-an.

Reka bentuk Stesen Tokyo ini direka oleh arkitek bernama Kingo Tatsuno. Beliau yang mempunyai pengalaman belajar di United Kingdom, merupakan perintis dalam bidang seni bina bercirikan Barat di Jepun. Beliau banyak mengendalikan bangunan yang melambangkan kekuasaan kerajaan seperti "Nihon Ginko Honten" (Pejabat Pusat Bank Jepun) di Nihonbashi dan sebagainya. Pembinaan bangunan stesen 3 tingkat ini mengambil masa selama 8 tahun di mana platform, pejabat pos besar, pintu khas istana dan sebagainya dibina di dalam satu bangunan.

Sebelum Stesen Tokyo direka bentuk, Kingo Tatsuno telah mereka bentuk "Nihon Ginko Honten". Rekabentuk bangunan ini adalah hasil ubahsuai daripada bangunan Bank Negara Belgium pada tahun 1896 dan ia merupakan pusat bank yang mengeluarkan wang kertas Jepun. Ia dikelaskan sebagai khazanah penting kebudayaan negara dalam bidang seni bina moden bercirikan Barat yang mewakili era Meiji.

Kerosakan akibat peperangan menyebabkan kubah simbolik bangunan stesen, dinding luar dan bahagian tingkat 3 bangunan telah hancur musnah. Selepas perang, keadaan kewangan yang teruk telah membuatkan pembinaan semula stesen bangunan ini pada asalnya tidak diluluskan. Kerja pemuliharan sementara telah dijalankan pada sisa kebakaran dengan mengekalkan bangunan ini bertingkat 2 selain menukar bumbung bulat kepada bumbung segi lapan dan sebagainya.

Setelah dikelaskan sebagai khazanah penting kebudayaan negara pada tahun 2003, kerja-kerja pemeliharaan dan pemulihan pada bangunan Stesen Marunouchi pula bermula pada tahun 2007. Bangunan ini tidak dirobohkan mahupun dibina semula, akan tetapi pembinaan yang dijalankan ini dengan memelihara dan menghidupkan semula sebanyak mungkin batu-bata dan rangka keluli yang terletak di tingkat 1 dan 2, dinding luar dan sebagainya, malah kerja membaik pulih bangunan 2 tingkat ini kepada binaan asalnya yang bertingkat 3 juga dijalankan.

2 bumbung bulat berbentuk kubah di bahagian Utara dan Selatan yang musnah terbakar akibat perang telah dihidupkan semula. Disebabkan pelan lukisan untuk bahagian dalaman kubah hanya tinggal sehelai, malah satu-satunya imej yang ditinggalkan bewarna hitam dan putih, maka proses menganalisis imej relief (ukiran pada dinding) telah dijalankan. Terdapat sebahagian daripada relief (ukiran pada dinding) yang masih tinggal walaupun selepas kerosakan akibat perang, dan ianya masih kukuh terukir di atas dinding tersebut.

Marunouchi yang terletak di dalam tapak kawasan Istana Edo (Istana Maharaja Jepun yang terkini) merupakan kawasan kediaman bagi mereka yang bekerja di istana pada abad ke 16. Ia merupakan berek pada 100 tahun yang lalu, dan berubah menjadi padang setelah berek tersebut dipindahkan. Setelah pembukaan Stesen Tokyo pada tahun 1914, ia sekali gus merangsang pembangunan Marunouchi dan "Maru building" telah siap dibina pada tahun 1923. Bangunan ini merupakan suatu revolusi dalam sejarah seni bina di Jepun di mana tingkat 1 dan 2 dijadikan sebagai pusat membeli-belah, manakala di tingkat atasnya pula adalah pejabat-pejabat. Ia kemudiannya memberi pengaruh yang besar dalam bentuk seni bina bangunan-bangunan pejabat.

Guru kepada Kingo Tatsuno yang telah merekabentuk Stesen Tokyo adalah Josiah Conder yang berasal dari England. "Mitsubishi Ichigokan" yang dibina menggunakan bata merah ini merupakan bangunan pejabat yang pertama yang siap dibina pada tahun 1984 melalui rekabentuk beliau. Walaupun ia telah dirobohkan pada tahun 1968, kerja-kerja pemulihan rekabentuknya yang asal diberi tumpuan yang penuh pada tahun 2009, ia kemudiannya telah dibuka sebagai "Muzium Mitsubishi Ichigokan" pada tahun 2010.

Tokyo Central Post Office (Pejabat Pos Besar Tokyo) dibina di pintu sebelah Selatan Stesen Tokyo. Binaannya yang kini merupakan hasil tinggalan dari pejabat pos yang lama telah siap dibina pada tahun 1931. Pada era Taisho dan Showa, barangan pos dihantar melalui lorong bawah tanah perantaraan Stesen Tokyo menggunakan gondola. Kemudian, sebahagian daripada pejabat pos lama dikekalkan dan dibangunkan semula di tingkat bawah bangunan "Menara JP KITTE". Bilik ketua pos dipulihkan dan dibuka kepada orang ramai sebagai ruang rehat.