Odaiba adalah sebuah bandar yang terhasil dari tanah penambakan. Beberapa ratus tahun yang lalu, kawasan ini merupakan sebuah laut yang dikenali sebagai Shinagawa Oki. Ia digunakan sebagai tempat pelabuhan kapal yang menjalankan urusan perdagangan di Jepun. Di laut Shinagawa Oki, kapal-kapal kargo yang besar akan berhenti dan memindahkan barang dagangan ke kapal-kapal kecil sebelum dibawa masuk ke Edo (nama lama Tokyo). Selain itu, ia juga dikenali sebagai tempat utama pengeluaran "nori" iaitu sejenis rumpai laut yang banyak digunakan dalam masakan sushi. Suasana penduduk mengutip kerang telah digambarkan dalam sebuah lukisan ukiyo-e yang terkenal menunjukkan bahawa Odaiba merupakan sebuah bandar pelabuhan yang amat sibuk pada masa tersebut.

Dari tahun 1639 sehingga tahun 1854, terdapat undang-undang yang melarang kemasukan warga asing ke Jepun di semua pintu masuk perdagangan kecuali Dejima (pada masa kini merupakan sebahagian daripada Nagasaki-ken). Pada tahun 1853, terdapat sepucuk surat dari Presiden Amerika Syarikat yang meminta pembukaan pintu masuk untuk 4 buah kapal perang mereka di Uraga Oki, Shinagawa-ken. Sebagai balasan jawapan, Jepun telah meminta penangguhan selama setahun untuk mempersiapkan kemudahan dari Shinagawa-ken sehinggalah ke Edo bagi menghadapi para delegasi yang ramai itu. Tetapi, dalam masa setahun tersebut, Jepun telah membina kubu pertahanan untuk menghalang kemasukan mereka.
Asal-usul nam

Pemerintah kerajaan pada zaman tersebut telah sebulat suara untuk membina kubu pertahanan bagi melindungi Istana Edo daripada ditembak oleh meriam kapal-kapal asing itu. Tempat pembinaan kubu tersebut adalah di kawasan yang mengalami pemendapan pasir yang dasyat dan menyukarkan laluan kapal iaitu di Shinagawa Oki. Seramai 5,000 orang Jepun telah bekerja di sini dan mereka telah membina sebanyak 11 buah kubu di pulau buatan manusia itu. Kawasan ini yang kemudiannya dipanggil sebagai "Odaiba" dinamakan bersempena dengan latar belakang sejarahnya.

Walaupun kubu-kubu tersebut telah mengambil masa yang lama untuk pembinaannya, namun ia sekali pun tidak pernah digunakan kerana matlamat kerajaan pada masa tersebut telah berubah dengan termeterainya Persetujuan Kanagawa. Kawasan tersebut kemudiannya digunakan sebagai tempat limbungan kapal dan sebuah rumah api telah dibina di sini, bertentangan dengan matlamat asal pembinaannya. Selepas Perang Dunia Kedua, penempatan anak-anak yatim mangsa peperangan telah dibina di sini.

Walaupun terdapat 11 buah kubu yang dibina pada zaman dahulu, namun sebahagian besar daripada kubu-kubu tersebut telah dikambus semula. Namun begitu, kesan peninggalan dari kubu ketiga dan keenam masih terdapat sehingga ke hari ini. "Daiba Koen" yang merupakan sebuah taman metropolitan telah dibina di tapak kawasan kubu ketiga. Terdapat peninggalan binaan di atas laluan yang dibina dengan menggunakan batu-bata setinggi 5m hingga 7m. Menurut rujukan, meriam seberat 36 paun diletakkan di sini pada zaman tersebut.

Pada tahun 1990-an, terdapat pelan pembangunan semula sub bandar di persisiran laut untuk menampung kepesatan pertambahan penduduk Tokyo dan kesesakan lalu lintas. Bandar ini semakin berkembang dengan perpindahan bangunan penyiaran televisyen ke sini, pembinaan Rainbow Bridge, pelbagai taman hiburan dan pusat membeli-belah yang besar. Pada tahun 1995, monorel telah mula beroperasi antara Shinbashi dan Ariake. Pada masa akan datang juga, pembinaan hotel dan pusat membeli-belah berskala besar juga terdapat dalam perancangan sebagai persiapan tuan rumah Olimpik di Tokyo pada tahun 2020.

"Tokyo Port Museum" merupakan sebuah muzium yang memperkenalkan sejarah pelabuhan Tokyo dan perancangan pembangunannya. Oleh kerana ia terletak di tingkat 20 bangunan pencakar langit, pelabuhan Tokyo dan sub bandar persisiran laut boleh dilihat dari sini. Selain kapal kontena yang terdapat di persisir laut, para pengunjung juga boleh melihat keseluruhan pemandangan 360 darjah Odaiba pada masa sekarang seperti TOKYO SKYTREE(R), Gunung Fuji dan Lapangan Terbang Haneda. Buat masa sekarang, muzium ini ditutup untuk kerja baik pulih sehingga 30 Jun 2016 dan dijangka akan dibuka semula pada bulan April 2017 dengan kemudahan yang baru.