基督教在5世紀時透過陸路傳入中國，但當時並未傳到日本。之後由於伊斯蘭勢力的擴張，使得歐洲與亞洲的交流變得困難，因此基督教長期以來都沒有傳入日本。

基督教真正傳入日本是在大航海時代。1549年，受葡萄牙國王若昂三世之託，在亞洲進行傳教的耶穌會傳教士聖方濟·沙勿略抵達今日的鹿兒島，展開了基督教的傳教活動。那麼，為什麼沙勿略會來到日本傳教呢？這要追溯到6年前的1543年，有葡萄牙人帶著鐵砲（火繩槍）漂流至鹿兒島，這便成了契機。當時的日本正處於被稱為戰國時代的混亂期。葡萄牙人帶來的鐵砲很快就在日本國內被大量製造，徹底改變了戰爭的形態。另一方面，雖然日本能夠自行製造鐵砲，但製作火藥所需的硝石在國內並無產出，而且製作子彈的鉛也只能從國內的特定礦山取得，因此這些物資只能仰賴海外進口。此時，葡萄牙商人便發揮了關鍵作用。隨著鐵砲傳入而開啟的葡日交流最終也促成了基督教的傳入。而當時正在如今的馬來西亞傳教的聖方濟·沙勿略透過葡萄牙商人的引介認識了日本人，並因聽聞其描述而對日本產生興趣，於是踏上了鹿兒島的土地。

受葡萄牙國王請託的傳教士與葡萄牙商人合作，在日本傳播基督教。特別是那些與葡萄牙商人進行硝石與鉛交易的九州大名們，不僅自己改信為基督教，還讓家臣與領民一同改宗。結果，許多領民也相繼改信基督教。其中以長崎縣平戶的大名——大村純忠最為著名。他於1563年成為日本第一位改信基督教的大名。他最有名的事蹟是為了葡萄牙商人與傳教士，將當時仍是貧寒村落的港口加以整備，提供土地與庇護，使之發展為後來的長崎港。

1566年，統治五島列島的大名「宇久純定」因為被葡萄牙傳教士治癒疾病，於是開始在島內進行傳教與援助教堂。據傳到了1606年時，島內已有超過2,300名基督徒，並且還建立了教堂。

在戰國時代群雄爭霸的背景下，為了在戰事中獲勝，大名們需要保護基督教並加深與商人們的關係，以便獲得比其他大名更有利的條件來取得硝石、鉛以及最新式的武器。因此，他們不僅與葡萄牙商人交易，也開始與西班牙商人往來。而西班牙商人與葡萄牙商人一樣，將基督教的布教與貿易結合進行。結果，在以九州為中心的地區，許多大名會保護基督徒，建立教堂，並以保護商人的名義，提供大量土地給葡萄牙人與西班牙人使用。然而，1585年豐臣秀吉統一日本後，局勢開始改變。戰爭所需的硝石與鉛的重要性逐漸下降，自此對基督教的保護開始慢慢減弱。

在豐臣秀吉之後掌握天下的德川家康對於由葡萄牙與西班牙所控制、而自身統治難以觸及的地區與人群日漸增加一事產生了強烈的危機感。於是，他開始著手解決這個問題。他將主要的貿易對象從信奉天主教的葡萄牙與西班牙，轉換為信奉新教的荷蘭。荷蘭則與德川幕府承諾將貿易與宗教分開看待，並不進行傳教活動。

1613年，德川幕府終於向全國頒布了基督教禁止令「禁教令」，並在各地設置記載了禁止內容的告示牌（立札）。幕府不只拆毀教堂，翌年1614年，更開始採取具體行動：將外國傳教士以及不願放棄基督教信仰的大名及其家臣驅逐至國外。1616年，幕府將對外貿易限制在長崎與平戶兩港，藉此進一步加強對基督教的禁止與信徒的改宗要求。到了1624年，更全面禁止西班牙船隻入港，終止與西班牙的貿易。同時，幕府也明令禁止基督教，並且一旦發現基督徒，就強迫其改宗；信徒若拒絕，則會遭受嚴酷的鎮壓，這種情況逐漸成為常態。另一方面，幕府並非要讓基督徒從日本國內完全根絕。幕府官員只是在民眾面前放置繪有耶穌基督的畫像，命令他們踩踏，若有人無法踩踏，便被視為基督徒而強迫改宗，這就是所謂的「踏繪」。此外，幕府官員也會巡查各村，調查是否有人信奉基督教，禁教行為大多僅止於此。至於住民之間的相互監視或密告制度，除部分地區外，並未在全國普遍實施。

然而1636年，幕府開始限制葡萄牙商人只能在長崎的「出島」進行貿易。隔年1637年，長崎縣西南部爆發了以基督徒為主的大規模起義「島原之亂」。當時約有3.7萬人聚集在島原半島南端已經廢棄的原城中，與幕府軍進行對抗，戰鬥持續了將近4個月。德川幕府認為這場叛亂的背後有葡萄牙商人的影響，因此全面禁止葡萄牙船隻入港，並將通商對象限定為荷蘭一國。自島原之亂之後，幕府開始實施在世界上極為罕見的徹底嚴苛的禁教政策，企圖將日本國內的基督徒完全根絕。

幕府不僅實施「踏繪」，強迫居民踩踏描繪耶穌基督的畫像，以此證明自己並非基督徒。官員還會巡查各村落，更進一步推行一系列制度來有效揪出信徒。例如設立「五人組」，將五戶人家編成一組，讓彼此互相監視；以及設立獎勵金制度，對於發現基督徒或傳教士後予以檢舉的人發放獎勵金。同時，幕府還設計了讓所有國民都必須隸屬於某座佛寺的「宗門改」制度。佛寺負責為所屬居民（檀家）發放證明書並加以管理。當家族成員過世時，必須以佛教儀式舉行葬禮。對一般佛教徒而言，這並無不妥，但對於潛伏基督教徒而言，被迫舉行佛教葬禮是難以接受的事情。

在島原之亂7年後的1644年，日本最後一位仍在進行傳教的神父——小西曼修被捕並處刑，自此日本境內再也沒有正式晉鐸 的天主教神父。他是在禁止基督教的隔年1614年，因拒絕改宗而遭流放海外的信徒之一。當時他與家人一同被驅逐至澳門，之後他隻身前往羅馬，加入耶穌會並受任為司鐸。1632年起，他返回日本，成為最後一位在日本傳教的神父。隨著他的殉教，日本國內不再有人能夠教授正統的天主教教義，自此之後長達200年以上，基督教只能在沒有指導者的情況下，於暗中延續信仰。

由聖方濟·沙勿略於1549年傳入的基督教在1613年的「禁教令」下，僅僅64年便被禁止傳教。由於戰爭與貿易的結合，基督教徒在短時間內急速增加，據說全盛時期信徒人數達35萬人，約占當時總人口的2%以上。這個比例甚至高於現代日本基督教徒僅約1%的占比。然而，自禁教令頒布後，以島原之亂為契機，徹底的基督教禁令以及相互監視制度隨之加強，之後在日本國內發現基督教徒的案例逐漸減少。於是德川幕府及其後繼的明治政府皆以「日本境內已無任何基督教徒」為前提與各國往來。而大部分日本人當時也確實相信基督教徒在江戶時代初期便已被徹底根絕。這正顯示了德川幕府在禁止基督教方面的制度執行得何等徹底。再加上當時已無能夠教授教義的神父存在，人們根本無法理解「洗禮」或「彌撒」等宗教儀式是如何持續下去的。

基督教被禁止約250年後的1858年，德川幕府與美國、荷蘭、俄羅斯、英國、法國等5個國家簽訂了新的貿易協定。橫濱、長崎、函館、新潟、神戶等國內港口相繼開放，在被稱為外國人居留地的有限區域內，外國人得以依照本國法律而非日本法律生活。因此，為了長崎的外國居民而建的大浦天主堂於1864年完工。這座教堂是當時極為罕見的西式建築，周邊的日本人稱其為「法蘭西寺」或「南蠻寺」，參觀人潮絡繹不絕。受託管理大浦天主堂的法國籍傳教士貝爾納·珀蒂讓 神父（法語：Bernard-Thadée Petitjean）允許日本人參觀教堂。據說，他之所以開放參觀，是因為他相信或許還存在著一絲奇蹟——那些自250年以上前起就被禁止的日本基督教徒，至今仍可能在某處隱匿，繼續堅守著信仰。

而這個奇蹟終於在1865年3月17日降臨。前來參觀教堂的十數名日本人，向珀蒂讓神父表明自己正是基督徒。這一事件證明，信徒們小心地躲避自1613年開始的殘酷鎮壓與徹底的社會管控體制，並在1644年之後，國內完全沒有傳教士與聖職人員的情況下，僅憑自身的力量延續信仰，並傳承了250年以上，世代相續不斷。在歷史學與人口學中，父母生育下一代的平均間隔通常以25年計算，也就是每25年視為一個世代。換句話說，如果將1613年剛出生的嬰兒視為第一代，那麼基督教信仰便傳承了10個世代（即第11代的子孫）。這期間，信徒們隨時面臨一旦被發現就會遭受酷刑及生命威脅，且在缺乏能夠傳授與引導基督教的神職人員情況下，能夠維持10代信仰幾乎可稱為奇蹟。但他們確實實踐了這份信仰，並在出現在·珀蒂讓 神父面前。

大浦天主堂所在的長崎港原本是日本歷史上第一位改宗為基督教的大名——大村純忠的領地。由於大村家積極推動家臣與領民改信基督教，因此與其他地區相比，這裡有更多的基督徒。而他本人也對基督教的信仰也非常虔誠，1580年時還曾整修長崎港，提供給基督徒與商人使用。但由於長崎成了日本人無法直接統治的地方，於是最終被收回，不再隸屬於大村家的領地。之後德川幕府在當地設置直轄的長崎奉行所，在其嚴密監管下，僅允許與荷蘭進行貿易。另一方面，長崎之外的周邊地區仍繼續被承認為「大村家」的領地，並以大村藩的形式存在。由於大村藩原本就有許多基督徒，在此背景之下，境內有許多暗中信仰基督教的領民。禁教令頒布44年後，島原之亂結束20年後的1657年，大村藩城附近的村落發生了大規模的基督徒檢舉事件。當時共有608人遭到檢舉，其中411人被處決。而且這次的檢舉並非由大村藩自行進行，而是由設於長崎、隸屬德川幕府直轄的長崎奉行所主導。以此事件為契機，人們普遍認為大村藩中心地的大村城周邊的潛伏基督徒已被徹底根絕。但其實在距離大村城很遠的大村藩領地內仍有人們暗中在信奉基督教。尤其是在最西側（面向中國大陸一側）的海岸地帶、被稱為外海的區域聚居著許多潛伏天主教徒。外海地區沿岸盡是斷崖絕壁，陸地多為陡坡，人們便在間或形成的山谷間建立小聚落，在此生活。這裡在基督教尚被允許傳教的戰國時代時，傳教士或神父也難以頻繁造訪，因此當地居民自早年起便形成以聚落為單位的共同體，自行延續信仰。例如，建立了集體進行成為基督徒最重要的儀式——洗禮的制度，並將此做法代代相傳；同時也保存並傳遞記載聖誕節與聖人節日等基督教慶典的曆法。透過這些制度，即使沒有傳教士或神父的引導，信仰也能延續下去。此外，隨著禁教令的頒布，信徒們在實踐日常的祈禱等行為中，摸索出一套偽裝信仰的方法。例如設法讓表面上看起來仿佛是在進行日本傳統宗教的儀式，或是將常見的生活用品代替信仰用具（信心具）或聖母瑪利亞像。他們藉著這種方式逐漸確立了能夠穩定延續信仰的方法。對於統治的大村藩而言，雖然對領內潛伏天主教徒的存在隱約有所察覺，但該地不僅地理環境險峻，交通困難，即使前往，也很難舉發，因此被視為一個棘手的地區。另一方面，大村藩也擔憂著一旦潛伏天主教徒再度遭到長崎奉行所大規模檢舉，將可能危及整個大村藩的存續。就在此時，隔海相望、統治五島列島的五島藩提出了讓農民遷居的請求。當時的五島藩因人口稀少，即便有意開墾新的島嶼土地，也苦於缺乏足夠的耕作者而無法實現。而在大村藩內，鄰近五島列島、移居相對容易的外海地區則是人口過度膨脹，因而面臨糧食供應問題，對大村藩而言也是個極需解決的課題區域。此外，該地亦是潛伏基督教徒聚居之所，因此大村藩開始打算將外海的居民作為移民遷往五島列島。同時，外海的居民們也因大村藩對基督信仰日益嚴厲的取締而感到危機。他們認為相較於大村藩，五島藩對基督徒的管制相對寬鬆。基於這些利害的一致，自1796年至1799年間，約有三千人自大村藩遷往五島列島。而這些移民的多數正是為了守護信仰而毅然離開故鄉的潛伏天主教徒。

在移居五島列島時，外海地區的潛伏天主教徒為了維持自己的共同體，會考量如何與移居地的社群及宗教取得平衡，進而選擇落腳之處。這是因為在基督教還被承認的戰國時代，五島藩的藩主本身即是基督教徒，島內的天主教徒人數曾經超過2,300人。但自1613年禁教令頒布以後，五島藩依循德川幕府的政策，成為一座不再有基督教徒存在的島嶼。潛伏天主教徒聚落的其中一個案例，即列入世界遺產「長崎和天草地區的潛伏天主教徒相關遺產 」的12個構成資產之一——「久賀島的村落 」是潛伏天主教徒在既有的佛教聚落周邊逐步建立起的村落。然而，該移居地的土地並不適合農業生產，因此他們藉由協助佛教聚落的農事、租借水田、或協助從事漁業等方式，與當地佛教徒居民建立互助關係以延續生計，同時也在暗地裡持續進行信仰活動。此外，也有像同一座島上的五輪地區這樣的聚落，與既有聚落完全隔絕，在毫無交流的情況下維持生活與信仰。「奈留島的江上村落 （世界遺產）」也是如此。他們落腳在與島內既有佛教徒聚落隔絕、被群山環繞的山谷小海灣，在僅有的一點點平地開墾，甚至削去斜坡建造屋子，逐漸形成聚落。福江島的半泊聚落也是同樣的例子。這些與外界隔絕的聚落即便在現今，通往當地的道路依舊狹窄曲折，讓人不禁懷疑前方是否真的有聚落存在。現在雖然可以藉由車輛往來，但在沒有車輛的過去，不難想像當時人們多麼難與外界交流，而他們為了守護自身的信仰，選擇潛伏於此，過著艱難的生活。但他們正是透過這樣的方式將信仰世世代代傳承了下去。

就在潛伏天主教徒們持續堅守信仰之時，一個好消息傳來。那便是1864年大浦天主堂竣工。此外，更有消息傳出，原本應該只允許居留地內的外國人使用的教堂，連日本人也被允許進入參觀。於是五島市及其他地區的潛伏天主教徒代表紛紛造訪大浦天主堂，與珀蒂讓神父會面，向他表明自己正是潛伏天主教徒。他們從神父那裡領受教義，回到村裡後再將其傳播出去。這些長期潛伏的基督教徒，逐漸開始公開自己的信仰。尤其在葬禮方面，他們開始表達希望依照基督教教義舉行，而非遵循佛教儀式。由於日本已經接納外國人並開國，德川幕府對基督教問題原本多少採取默許態度，但面對這股聲浪，終究無法再置之不理。隨之而來的，是對基督徒再度展開的嚴厲鎮壓。1867年，長崎縣浦上地區有超過3,300名基督教徒被捕，並被移送至日本各地接受酷刑。結果造成662條寶貴的生命因此喪失。1868年，五島市的世界遺產「久賀島的聚落」也發生了悲劇。當地200名承認是基督教徒的人被關進一間僅有12張榻榻米（約19.44平方公尺）大小的牢房中長達8個月之久，期間遭受嚴刑拷打並被強迫改宗。12張榻榻米大約是4公尺×5公尺，相當於日本住宅的客廳，或是飯店的雙人房、雙床房大小的牢房裡關了200人。牢房內沒有廁所，地面只是泥土，據說人們只能緊貼著牆壁，騰出一點狹小的空間，然後輪流坐下休息。而在這場嚴刑拷打中，有42條寶貴的生命就此消逝。這些事件引起當時駐日的外國領事、公使與傳教士的強烈抗議，相關情況也傳回了本國。自日本恢復對基督教的嚴厲取締以來的4年後，也就是1871年，繼承德川幕府政權的明治政府派遣使節團（岩倉使節團）出使海外，尋求修訂締結的條約，以及獲得技術支援。但當他們與美國南北戰爭的英雄，同時也是總統的尤利西斯·格蘭特、大英帝國的維多利亞女王，以及丹麥國王克里斯汀九世會晤時，遭到了嚴厲譴責。明治政府因此體認到若不解決這個問題，根本不可能進行條約修訂。最終在1873年，全國張貼的明文禁止基督教的告示牌（高札）在全國被撤除。這是自1613年頒布禁教令以來，時隔260年的歷史性事件。

信仰獲得承認的基督教徒們首先進行的就是設立教堂（天主堂）。在外國傳教士的指導下，長崎縣內興建了許多教堂。這些教堂既是基督教在日本正式被允許傳教的證明，同時也是具有象徵性的建築物。五島市於1880年也在法國傳教士的主持下建立了堂崎教堂。最初是一座木造教堂，但在1908年重建為一座宏偉的紅磚教堂。這些教堂多半是由當地的基督教徒共同出資興建。被列為世界遺產的「奈留島的江上聚落」的江上天主堂便是由40至50戶的信徒們齊心協力，透過用地曳網捕丁香魚所得的資金建造而成。這座教堂是一棟小巧而樸素的木造建築，乳白色的外牆與水藍色的窗框形成了鮮明的點綴。由於當時彩繪玻璃價格高昂，安裝不起，於是信徒們便在透明玻璃上親手繪製圖案來裝飾。

如今，五島市的教堂是那些在260年間無法公開信仰、只能潛伏來延續信仰的人們終於獲得自由後的喜悅象徵，同時也是過往悲傷與苦難的結晶。在世界遺產「久賀島」上發生過的12張榻榻米牢獄嚴刑的遺址上，如今也矗立著一座教堂。這座教堂建於俯瞰久賀島海灣的高地上，外觀十分小巧而質樸。然而，當實際站在這座教堂前，憶起潛伏天主教徒的歷史時，那份感動將是無法估量的。那裡曾經發生過什麼事？為什麼久賀島會有潛伏天主教徒？五島市內的眾多教堂，又是先人們懷著怎樣的心情捐獻、興建而成的呢？

不妨親自踏上長崎縣五島市，來一趟教堂巡禮，追尋這260年間延續不斷的信仰足跡。相信這一定會成為一次難以忘懷的美好體驗。