日本国土的3分之2为山地，其中在本州更有被称为"日本的屋脊"的海拔3000米高的连绵山峦。被列入世界遗产的横跨秋田县与青森县的白神山地，拥有世界最大规模的山毛榉原始森林。除了栖息着被指定为国家天然纪念物的羚羊，还有黑熊和日本猴等非常多的动物栖息。

日本4处的世界自然遗产中，国有山林和原野占整体的百分之九十，由国家决定森林生态系保护地区并负责管理。位于九州本岛最南端以南约60公里的屋久岛，其面积的90%为森林。被溪流和绿苔覆盖的森林中，树龄超过1000年、被称为“屋久杉”的古树有好几棵。其中被誉为"绳文杉"的屋久杉是日本国内最粗大的一棵杉树。

据说日本海域内栖息着50种海栖哺乳类、122种海鸟、约3700种海水鱼。归属东京都的小笠原诸岛由30多个岛屿组成， 岛屿四周的海洋颜色鲜艳极具特色，因此有"邦尼蓝"的称号。另外，由于岛屿从未与陆地相接，因而形成了独自的生态系统，栖息着众多罕见的动物，为此享有"东洋的加拉帕戈斯"的美誉。

北海道的知床半岛以森林与湖泊等丰富的自然风景与独特的生态系统而闻名。流冰带来丰富养分、使以此为食饵的浮游生物很容易繁殖，从而形成了丰富的海洋生态系统。此外，这里的另一个特征就是海洋生态与陆地生态之间相互关联，形成了一种特殊的生态系统。例如以栖息于知床的鲑鱼为食饵的黑熊与虎头海雕等，这里的生存环境适合多种生物生息。